RNA-Seq分析PNA介导的尿路致病性大肠杆菌CCR20中colibactin调控因子ClbR敲低

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE345846

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

反义寡聚体（ASOs）提供了一种序列特异性的策略，用于重编程细菌基因表达。目前，它们主要被用作针对必需基因mRNA的抗菌剂。相比之下，它们在不清除微生物群成员的情况下选择性抑制有害基因的潜力尚未得到充分探索。在此，我们研究了使用ASOs抑制大肠杆菌中基因毒素colibactin生物合成的可能性。Colibactin是携带聚酮合酶（pks）岛的肠杆菌科细菌的一种次级代谢产物，与结直肠癌的发展有关。我们发现，针对不同pks岛mRNA（clbA、clbP、clbQ和clbR）的基于肽核酸（PNA）的ASOs在体外和结直肠癌分离株E. coli CCR20 pks+中选择性地阻断了蛋白质合成。此外，靶向clbR的ASOs有效减少了感染HeLa细胞中colibactin诱导的DNA损伤，表明编码pks岛转录激活因子的clbR是破坏colibactin产生的特别有效靶点。

临床上相关的基于磷酰二胺吗啉代寡核苷酸（PMO）的反义寡核苷酸（ASO）与基于肽核酸（PNA）的ASO效果相当。我们的工作引入了ASO作为一种可行的基于RNA的策略来抑制次级代谢产物的产生，并开创了一种非遗传学方法来研究生物合成基因簇，这些基因簇在自然界中普遍存在，且常发现于难以进行遗传操作的微生物中。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。