牛颗粒细胞转录组在子宫疾病消退后的持续影响

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE128697

标准获取流程：

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2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

子宫炎与奶牛生育力下降相关，但其机制尚不清楚，因为该病在授精前数周即已消退。一种假说是，子宫炎在卵泡发育过程中引起颗粒细胞的持续性改变，这些改变可能在产后数周优势卵泡颗粒细胞的转录组中有所体现。为验证这一假说，我们于产后63天从既往诊断为子宫炎（至少在该病消退6周后）的奶牛以及未诊断为子宫炎（对照）的奶牛中采集了优势卵泡的卵泡液和颗粒细胞。在卵泡液中检测到细菌脂多糖，其浓度与卵泡液IL-8和葡萄糖浓度相关。使用RNAseq进行的转录组分析显示，与对照奶牛相比，曾患子宫炎的奶牛颗粒细胞中有177个差异表达基因。上调最显著的基因是ITLN1、NCF2、CLRN3、FSIP2和ANKRD17，下调最显著的基因是ACSM1、NR4A2、GHITM、CBARP和NR1I3。

通路分析表明，差异表达基因涉及免疫功能、细胞间通讯、细胞周期和细胞代谢。差异表达基因的预测上游调控因子包括NFκB、IL-21和脂多糖，这些均与感染和免疫相关。我们的数据为子宫炎在疾病消退后对卵泡颗粒细胞转录组产生持续影响提供了证据。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。