种植体周围双组学数据集:生物惰性钛对比可降解镁/锌种植体(小鼠结肠模型)
该数据集伴随一项双组学研究,比较小鼠结肠壁植入镁、锌或钛种植体(并设假手术对照)队列中种植体周围组织的代谢组(MALDI-2质谱成像,负离子模式)与肠道菌群(16S rRNA基因扩增子测序)

基本信息
资源简介
种植体周围双组学数据集:生物惰性钛对比可降解镁/锌种植体(小鼠结肠模型)
该数据集是一项围绕种植体周围微环境展开的双组学研究配套数据,英文名称为“Peri-implant dual-omics dataset: bioinert titanium versus biodegradable magnesium/zinc implants (murine colonic model)”。研究在小鼠结肠壁植入镁、锌或钛种植体,并设置假手术对照,对种植体周围组织代谢组(采用MALDI-2质谱成像,负离子模式)与肠道菌群(16S rRNA基因扩增子测序)进行联合分析。数据集收录了注释后的差异丰度特征(钛 vs 镁、钛 vs 锌)、经整理的代谢物面板、KEGG通路富集结果、化学类别组成,以及在四组间存在显著差异的菌属。该数据发表于Zenodo,采用知识共享署名4.0国际许可,主题涵盖可降解金属种植体、种植体周围微环境、空间代谢组学与肠道菌群等方向。
【数据集背景】
生物惰性钛与可生物降解镁/锌种植体在消化道组织中的应用评价,需要同时了解种植体周围局部组织的代谢响应与肠道微生物群落的变化。该数据集即伴随这样一项双组学研究而产生,比较钛、镁、锌三种种植体植入小鼠结肠壁后种植体周围组织的代谢组与肠道菌群,并以假手术动物作为对照,从而在同一实验框架下呈现局部代谢与微生物两个层面的差异信息。
【数据内容】
数据集包含注释后的差异丰度特征,分别对应钛与镁、钛与锌的比较;还包括一份经整理的代谢物面板、KEGG通路富集结果、化学类别组成,以及在四个实验组之间差异显著的菌属列表。源站描述提示,各文件的具体说明见README.md。除上述内容外,源站未提供更细的变量清单或文件数量说明。
【采集与来源】
数据来自小鼠结肠壁种植体模型队列,实验分组包括镁种植体、锌种植体、钛种植体以及假手术对照。种植体周围组织代谢组采用MALDI-2质谱成像、负离子模式采集;肠道菌群采用16S rRNA基因扩增子测序获得。数据由Ding, Shuhan、Hua, Feiran、Zong, Ziliang、Chen, Yigang完成,机构信息为Zenodo,发布时间为2026年,来源站为doi.org。
【适用场景】
该数据集适用于种植体周围微环境的双组学比较研究,可用于考察可降解金属种植体与生物惰性钛种植体在局部代谢物丰度、代谢通路富集、化学类别构成以及肠道菌群组成上的差异。其空间代谢组学与16S rRNA测序联合的组织方式,也适合作为方法学参考,用于讨论局部组织代谢与肠道微生物群落在种植体相关研究中的关联分析。具体分析场景的适用范围源站未提供。
【使用方法】
使用时可依据README.md逐文件了解数据组织方式,并围绕钛与镁、钛与锌的差异丰度特征、代谢物面板、KEGG通路富集结果、化学类别组成及组间差异菌属开展再分析或比较。由于源站未提供具体文件格式、字段定义与分析流程说明,实际使用前应查阅随数据集提供的说明文档。
【质量与限制】
该数据集为小鼠结肠模型来源,包含假手术对照与三种种植体分组,采用MALDI-2质谱成像负离子模式与16S rRNA基因扩增子测序两种技术。源站未提供样本量、重复数、质控指标、缺失值处理或统计阈值等信息,相关质量评估与限制说明无法从现有描述中确定。
【引用与许可】
数据采用Creative Commons Attribution 4.0 International许可,使用时需按要求署名。作者为Ding, Shuhan、Hua, Feiran、Zong, Ziliang、Chen, Yigang,发布机构为Zenodo,发布年份为2026年。具体引用格式与版本信息源站未提供。
下载信息
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暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
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提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://doi.org/10.5281/zenodo.23501754
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 22.8 KB。
数据说明
本数据集伴随一项双组学研究,比较了在结肠壁植入镁、锌或钛植入物的小鼠队列(含假手术对照)的种植体周围组织代谢组(MALDI-2质谱成像,负离子模式)与肠道微生物组(16S rRNA基因扩增子测序)。数据集包含注释的差异丰度特征(Ti vs Mg和Ti vs Zn)、精选代谢物面板、KEGG通路富集结果、化学类别组成,以及四组间存在显著差异的菌属。各文件的详细说明见README.md。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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