MGYS00006760：EMG 生成的 PRJNA769968 数据集 TPA 宏基因组组装（益生菌摄入通过调节肠道菌群和神经活性化合物缓解帕金森病）
第三方注释（TPA）组装源自原始全基因组鸟枪法（WGS）数据集 PRJNA769968，并使用 metaspades v3.15.3 组装
基本信息
资源简介
MGYS00006760：EMG 生成的 PRJNA769968 数据集 TPA 宏基因组组装（益生菌摄入通过调节肠道菌群和神经活性化合物缓解帕金森病）
MGYS00006760 是一个与帕金森病相关的肠道微生物组数据集，其全称为“EMG produced TPA metagenomics assembly of PRJNA769968 data set (Probiotic consumption relieved Parkinson's disease via modulating the gut microbiota and neuroactive compounds)”。该数据集属于神经系统疾病 / 帕金森病分类，来源于 ebi.ac.uk。它提供了由原始全基因组鸟枪法（WGS）数据集 PRJNA769968 衍生而来的第三方注释（TPA）组装结果，组装过程使用 metaspades v3.15.3 完成。数据集所涉及的样本来自人类宿主相关的消化系统大肠粪便生物群系，可用于探索益生菌消费通过调节肠道微生物群和神经活性化合物缓解帕金森病的潜在机制。
【数据集背景】
该数据集聚焦于帕金森病与肠道微生物组之间的关联。帕金森病是一种常见的神经系统疾病，而越来越多的研究关注肠道微生物群在其中的作用。本数据集源自一个名为 PRJNA769968 的原始全基因组鸟枪法（WGS）数据集，该原始数据集的研究主题为“益生菌消费通过调节肠道微生物群和神经活性化合物缓解帕金森病”。在此基础上，第三方注释（TPA）组装被生成，以提供更深入的序列注释信息。本站将其归类于神经系统疾病 / 帕金森病，表明其应用领域与帕金森病的微生物组研究密切相关。
【数据内容】
该数据集的核心内容是第三方注释（TPA）宏基因组组装。具体而言，TPA 组装是从原始 WGS 数据集 PRJNA769968 衍生而来的，并使用 metaspades v3.15.3 进行组装。这意味着数据集包含了经过组装的宏基因组序列，并附有第三方注释信息。样本来源的生物群系为“root:Host-associated:Human:Digestive system:Large intestine:Fecal”，即人类宿主相关的消化系统大肠粪便样本。这些样本可能反映了帕金森病相关肠道微生物群的组成和功能潜力。数据集本身不包含原始测序读长，而是提供了组装后的序列和注释，便于后续分析。
【采集与来源】
该数据集来源于 ebi.ac.uk。其原始数据为 PRJNA769968 全基因组鸟枪法（WGS）数据集，样本采集自人类消化系统的大肠粪便。源站描述指出，该项目包括来自以下生物群系的样本：root:Host-associated:Human:Digestive system:Large intestine:Fecal。关于具体的采集时间、地点、受试者数量、纳入排除标准等详细信息，源站未提供。数据集的组装和注释过程由第三方完成，并作为 TPA 数据公开。
【适用场景】
该数据集适用于与帕金森病和肠道微生物组相关的研究。例如，研究人员可以利用该 TPA 组装数据来探索益生菌消费对肠道微生物群的影响，以及微生物群如何通过神经活性化合物影响帕金森病的病程。此外，它也可用于宏基因组组装方法的比较研究，或作为参考序列用于其他肠道微生物组分析。由于数据来源于人类粪便样本，它还可能用于研究宿主-微生物相互作用、微生物功能注释以及神经活性化合物的微生物代谢途径。但需注意，该数据集仅包含组装和注释，不包含原始读长，因此不适合直接进行原始数据质控或从头组装评估。
【使用方法】
用户可以通过 ebi.ac.uk 访问该数据集。具体的使用方式可能包括下载 TPA 组装序列和注释文件，然后利用生物信息学工具进行序列比对、功能注释、分类学分析或差异丰度分析。由于组装使用 metaspades v3.15.3，用户在进行后续分析时可能需要考虑该组装器的特性。此外，用户应参考原始数据集 PRJNA769968 以获取更多背景信息。关于具体的下载链接、文件格式、数据量大小等操作细节，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为第三方注释（TPA）组装，其质量取决于原始 WGS 数据的质量以及 metaspades v3.15.3 的组装效果。TPA 数据通常经过人工或自动注释，但可能不如原始数据全面。限制方面，数据集仅包含组装和注释，不包含原始读长，因此无法重新进行组装或评估组装偏差。此外，样本仅来自人类粪便，可能无法代表其他身体部位或非人类宿主。关于具体的组装质量指标（如 N50、覆盖度、污染率等），源站未提供。用户在使用时应谨慎解释结果，并考虑潜在的批次效应或技术偏差。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式和许可信息，源站未提供。用户在使用时应遵循 ebi.ac.uk 的一般使用条款，并可能需要引用原始数据集 PRJNA769968 以及相关的 TPA 项目。建议用户直接访问源站以获取最新的引用和许可要求。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/metagenomics/studies/MGYS00006760
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
第三方注释（TPA）组装来源于原始全基因组鸟枪法（WGS）数据集PRJNA769968，并使用metaspades v3.15.3进行组装。该项目包含来自以下生物群落的样本：根部：宿主相关：人类：消化系统：大肠：粪便。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失？
依托陕西、四川两大基地，我们与超过十家三甲医院建立直接合作关系，覆盖合规授权、采集治理、专业标注、数据交付的全流程，为AI医疗团队提供即拿即用的高质量临床数据。
⚡️ 需要数据支持或标注服务？立即联系我们获取专业方案。
