MGYS00006844:PRJEB10391数据集的宏基因组组装(环丙沙星扰动对两名健康志愿者肠道耐药基因组和微生物群的影响)

其核心来源是原始数据集 PRJEB10391,源站说明它属于派生自该原始数据集的第三方注释组装。除此之外,关于样本、实验和组装的更具体信息,源站未提供

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MGYS00006844: Metagenome assembly of PRJEB10391 data set (Impact of ciprofloxacin pertubation on the intestinal resistome and microbiota in two healthy volunteers)

基本信息

模态
基因组
创建/更新时间
2026-10-01

资源简介

MGYS00006844:PRJEB10391数据集的宏基因组组装(环丙沙星扰动对两名健康志愿者肠道耐药基因组和微生物群的影响)

MGYS00006844 是一个以“Metagenome assembly of PRJEB10391 data set (Impact of ciprofloxacin pertubation on the intestinal resistome and microbiota in two healthy volunteers)”为英文名称的宏基因组组装数据集,来源站为 ebi.ac.uk,在收录体系中被归入化学诱发性障碍 / 其他类别。其核心来源是原始数据集 PRJEB10391,源站说明它属于派生自该原始数据集的第三方注释组装。除此之外,关于样本、实验和组装的更具体信息,源站未提供。

【数据集背景】

从名称和标题可见,该数据集与 PRJEB10391 相关,标题指向环丙沙星扰动对两名健康志愿者肠道耐药组和微生物群的影响。源站描述指出,该第三方注释(Third Party Annotation,TPA)组装派生自原始数据集 PRJEB10391。这意味着它并非独立产生的一手测序数据,而是围绕 PRJEB10391 形成的组装资源。至于该研究的背景动机、实验设计、志愿者招募方式、用药方案、采样时间点等,源站未提供。

【数据内容】

数据内容以宏基因组组装为核心。英文名称中明确写有 Metagenome assembly,说明其涉及对 PRJEB10391 数据的宏基因组组装;源站进一步说明该组装为第三方注释组装,并来自 PRJEB10391 原始数据集。关于组装后的序列数量、总长度、重叠群或支架数量、N50、覆盖度、基因预测、功能注释、耐药基因注释、分类学组成等具体内容,源站未提供。因此,无法仅据此判断其包含哪些具体文件、格式或注释层次。

【采集与来源】

来源站为 ebi.ac.uk。数据来源与 PRJEB10391 原始数据集相关,源站描述其为派生自 PRJEB10391 的第三方注释组装。标题提到肠道、耐药组、微生物群以及两名健康志愿者,提示研究主题涉及肠道微生物与耐药组,但具体样本采集部位、采集时间、地点、伦理审批、志愿者筛选标准、处理方法等,源站未提供。

【适用场景】

源站未提供明确的适用场景说明。根据名称和标题,该数据集与 PRJEB10391 的宏基因组组装相关,并与环丙沙星扰动、肠道耐药组和微生物群这一主题存在关联。若使用者关注该主题,可将它作为与 PRJEB10391 配套的组装资源进行考察;但能否用于特定分析、是否适合比较研究或临床解释,需结合源站记录和原始数据集信息判断。更具体的推荐用途,源站未提供。

【使用方法】

源站未提供具体使用方法,包括下载地址、文件组织方式、组装流程、软件版本、参数设置、注释流程和结果解读步骤等均未说明。已知来源站为 ebi.ac.uk,因此获取相关记录的入口来自该站点。使用者若需使用,应依据 ebi.ac.uk 上关于 MGYS00006844 及其关联 PRJEB10391 的记录进一步确认。除来源站信息外,操作方法层面的细节源站未提供。

【质量与限制】

源站未提供质量评估信息,例如组装完整性、污染水平、覆盖深度、片段化程度、注释可靠性或验证结果等。可确认的限制是:它是第三方注释组装,派生自原始数据集 PRJEB10391,因此对其内容的理解和结果解释需要结合 PRJEB10391 的原始数据背景。标题涉及两名健康志愿者,但样本量和研究范围的限制说明、统计效力、重复性等信息,源站未提供。任何质量结论都不能仅凭现有描述得出。

【引用与许可】

源站未提供引用格式、文献出处、作者列表、版本号和许可条款。数据集英文名称、编号 MGYS00006844、关联原始数据集 PRJEB10391 以及来源站 ebi.ac.uk 可作为识别信息,但正式引用方式、使用许可、二次分发条件等,源站未提供。若需引用或使用,应回到 ebi.ac.uk 的相关记录中查找最新说明。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/metagenomics/studies/MGYS00006844

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

第三方注释(TPA)组装体衍生自主要数据集 PRJEB10391。

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