小鼠肝细胞特异性敲除Nampt增加肝纤维化易感性
该数据集来自 omicsdi.org,围绕小鼠肝细胞特异性敲除烟酰胺磷酸核糖转移酶(Nampt)后肝纤维化易感性的研究,采集了在低甲硫氨酸、无胆碱的60%高脂(MCD)饮食多个时间点下的血浆与肝脏蛋白质组变化数据,并涵盖烟酰胺核糖补充是否缓解肝损伤及补充后肝脏蛋白质组变化

基本信息
资源简介
小鼠肝细胞特异性敲除Nampt增加肝纤维化易感性
该数据集聚焦于小鼠肝细胞特异性敲除烟酰胺磷酸核糖转移酶(Nampt)后肝纤维化易感性的研究,采集了在低甲硫氨酸、无胆碱的60%高脂(MCD)饮食多个时间点下的血浆与肝脏蛋白质组变化数据,并涵盖烟酰胺核糖补充是否缓解肝损伤及补充后肝脏蛋白质组变化。数据集英文名称为“Hepatocyte-specific knockout of Nicotinamide phosphoribosyltransferase increases susceptibility for liver fibrosis in mice”,来源于omicsdi.org,归类于消化系统疾病/其他,主题标签包括Dia、Liver、Plasma、Fibrosis、Nampt。
【数据集背景】
烟酰胺磷酸核糖转移酶(Nampt)是烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD)补救合成途径中的关键酶。该数据集所对应的研究围绕肝细胞特异性敲除Nampt展开,旨在考察这种基因修饰对小鼠肝纤维化易感性的影响。研究采用低甲硫氨酸、无胆碱的60%高脂(MCD)饮食作为诱导条件,在多个时间点观察肝脏与血浆蛋白质组的变化,并进一步探讨烟酰胺核糖(NR)补充能否缓解肝损伤以及补充后肝脏蛋白质组如何变化。这一设计将基因敲除、饮食诱导与营养补充三个因素结合起来,用于刻画肝纤维化发生发展过程中的蛋白质组特征。
【数据内容】
数据集包含血浆与肝脏两类样本的蛋白质组数据,覆盖MCD饮食诱导的多个时间点。数据涉及肝细胞特异性Nampt敲除小鼠在MCD饮食下的血浆和肝脏蛋白质组变化,以及烟酰胺核糖补充条件下肝脏蛋白质组的变化。主题标签中的Dia提示数据采用数据非依赖采集(DIA)质谱策略生成,Liver与Plasma对应肝脏和血浆两种样本类型,Fibrosis与Nampt对应研究关注的肝纤维化表型与Nampt基因。样本量、时间点数量、蛋白鉴定数目等具体规模信息源站未提供。
【采集与来源】
数据来源于omicsdi.org。根据源站描述,研究在低甲硫氨酸、无胆碱的60%高脂(MCD)饮食条件下,对肝细胞特异性敲除Nampt的小鼠在多个时间点采集血浆与肝脏样本进行蛋白质组分析,并另外考察烟酰胺核糖补充后的肝脏蛋白质组变化。样本制备流程、质谱平台型号、色谱条件、采集参数等实验细节源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于肝纤维化相关蛋白质组研究,尤其是关注Nampt/NAD代谢通路在肝细胞中的作用、MCD饮食诱导肝纤维化模型的血浆与肝脏蛋白质组变化、以及烟酰胺核糖补充干预效果的研究场景。由于同时包含血浆与肝脏两类样本,可用于比较循环与组织层面的蛋白质组响应;由于覆盖多个时间点,可用于考察纤维化进展过程中的时序变化。DIA采集策略也使其适合用于后续靶向或非靶向的蛋白质定量再分析。具体分析用途需结合源站提供的原始数据与元数据确定。
【使用方法】
使用者可依据源站omicsdi.org提供的条目信息获取数据。由于源站未提供文件格式、数据组织方式、定量矩阵结构及配套分析脚本等细节,具体下载与处理流程源站未提供。一般建议在使用前核对样本分组、时间点与基因型信息,并按照DIA蛋白质组数据的常规流程进行谱图库构建、定性与定量分析。相关分析参数与推荐流程源站未提供。
【质量与限制】
源站未提供数据质量评估信息,包括缺失值比例、重复性、定量准确性等指标。数据集基于小鼠模型,结论向人类肝纤维化的外推需谨慎。样本量、时间点设置、统计功效等信息源站未提供。使用时应结合源站原始描述判断数据适用范围。
【引用与许可】
源站未提供引用方式与许可信息。使用该数据集前应向数据提供方确认引用要求与使用条款。
下载信息
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暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
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使用方式
数据集获取
源站:https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD017170
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们研究了在低甲硫氨酸、无胆碱的60%高脂(MCD)饮食条件下,肝细胞特异性敲除烟酰胺磷酸核糖转移酶(Nampt)诱导的小鼠肝纤维化过程中,多个时间点血浆和肝脏蛋白质组的变化。我们还探究了补充烟酰胺核糖苷是否能减轻肝损伤,以及补充NR后肝脏蛋白质组如何变化。
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