C. difficile 粗糙与光滑菌落变体的差异基因表达部分由 CmrRST 调控决定

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数据说明

艰难梭菌通过相位变异将表型异质性引入种群。艰难梭菌通过含有调控信息的可倒位DNA序列（称为开关）来调节相位变异。开关的倒位以ON/OFF方式控制相邻基因的表达，从而导致表型转换。艰难梭菌cmr开关（意为“菌落形态调节因子”）协调多种表型。当cmr为ON时，艰难梭菌表现为粗糙菌落形态、表面运动性以及细胞成链和伸长。当cmr为OFF时，菌落光滑，并观察到高水平的游动运动性和生物膜形成。先前的工作还将菌落形态和cmr开关方向与仓鼠感染模型中的毒力联系起来（Garrett et al., PLoS Biology, 2019）。cmr-ON方向导致cmrRST的表达，该操纵子编码一个信号转导系统。CmrS是预测的组氨酸激酶，CmrR和CmrT是反应调节因子。我们已证明CmrR和CmrT负责所观察到的与cmr相关的表型（Garrett et al., PLoS Biology, 2019）。

本研究的目的是鉴定受CmrR和CmrT调控的基因，并确定这些基因如何影响菌落形态及其他与cmr相关的表型。为鉴定对艰难梭菌（C. difficile）菌落形态具有重要作用的基因，我们开展了一项多管齐下的RNA-Seq研究，比较了以下转录组：（1）野生型的粗糙型与光滑型菌落变体；（2）cmr-ON与cmr-OFF相位锁定菌株；（3）粗糙型、光滑型、cmr-ON和cmr-OFF与ΔcmrRΔcmrT突变体；（4）过表达cmrR或cmrT的野生型与无过表达条件。转录分析显示，CmrRST解释了粗糙型与光滑型菌落形态之间部分而非全部的转录差异。受CmrR和/或CmrT差异表达的基因少于20个（变化≥4倍，p<0.05）。这些基因大多似乎

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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