GSE213005：小RNA网络调控艰难梭菌芽孢形成起始

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE213005

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

专性厌氧肠道病原体艰难梭菌（Clostridioides difficile）通过形成具有抗生素耐药性的内生孢子而在肠道中持续存在，这导致了感染的复发和再发。尽管孢子形成对艰难梭菌致病性至关重要，但调控孢子形成启动的环境信号和分子机制仍不明确。本研究利用RIL-seq技术捕获Hfq依赖的RNA-RNA相互作用组，发现了一个由小RNA组成的网络，这些small RNA可与编码孢子形成相关基因的mRNA结合。我们证明其中两个小RNA——SpoX和SpoY——以相反的方式调控孢子形成主调控因子Spo0A的翻译，最终导致孢子形成速率的改变。用SpoX和SpoY缺失突变体感染抗生素处理的小鼠，揭示了对肠道定植和肠道内孢子形成的全局性影响。本研究揭示了一个精细的RNA-RNA相互作用组，调控着艰难梭菌的生理和毒力，并鉴定了这一重要人类病原体孢子形成调控中的复杂转录后调控层。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。