GSE273118：保守结构化非编码RNA协调艰难梭菌生长与毒力 [DMS-MaP]

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE273118

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数据说明

细菌非编码RNA承担多种细胞功能，例如作为化学反应的催化剂、多蛋白复合物中的结构组分，或在转录和转录后水平调控基因表达。某些RNA，如核糖体RNA，在细菌各门中表现出异常广泛的保守性，并参与基础且独特的细胞功能。因此，鉴定具有深度序列和/或结构保守性的新RNA家族，有望揭示新的分子和生物学RNA功能。在此，我们对Clostridioides difficile的“raiA motif”RNA进行了表征，并将其重命名为ModT（transition phase的调节因子），该RNA属于一个在约2，500种生理多样性细菌物种中保守的RNA家族，这些物种属于Bacillota门和Actinomycetota门。我们表明，在指数生长的细菌中，ModT转录本的丰度和稳定性可与核糖体RNA相媲美。modT的缺失与进入稳定期的延迟以及稳定期途径（如孢子形成和毒素产生）的变化相关。

在机制层面，我们证明ModT介导的细胞内环二GMP水平变化与modT突变体中显著的芽孢形成缺陷相关。ModT以两种同工型形式产生，二者的二级结构基本一致，但在体内半衰期以及互补modT突变体芽孢形成表型的能力上存在差异。重要的是，我们证明ModT的表达谱和同工型模式在产气荚膜梭菌和索氏梭菌中保守，且这些直系同源物可在功能上替代艰难梭菌中的ModT。总之，我们提供了功能证据，表明ModT在细菌中发挥保守的生化功能，而这可能由其复杂的三级结构所实现。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。