存档福尔马林固定石蜡包埋样本转录组分析的去修饰RNA数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.7c4s5

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数据集大小约 72.3 MB。

数据说明

存档的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织样本为基因组研究提供了巨大但尚未充分利用的资源。限制FFPE样本使用的主要技术问题是RNA的产量和质量。在本研究中，我们评估了去修饰高度碎片化和因福尔马林固定而交联的RNA的方法。主要终点是RNA回收率、RNA测序质量指标以及对参考化学物质（苯巴比妥，PB）的转录响应。来自对照组和PB组（每组n=6）的冷冻小鼠肝脏样本被分割并按照以下方式保存3个月：冷冻（FR）；70%乙醇（OH）；10%缓冲福尔马林处理18小时后乙醇（18F）；或10%缓冲福尔马林（3F）。OH、18F和3F组的样本被处理成FFPE块并切片以分离RNA。3F组的额外切片接受了以下去修饰方案以减轻RNA损伤：使用Tris-醋酸盐-EDTA缓冲液短时加热孵育；使用两种不同分离试剂盒与有机催化剂过夜加热孵育；或无有机催化剂的过夜加热孵育。

采用Illumina HiSeq 2500平台构建并测序了去除核糖体RNA、链特异性总RNA文库。与3F相比，过夜孵育（±有机催化剂）使RNA产量增加超过3倍，RNA完整性数值和片段分析值分别提高超过1.5倍和超过3.0倍。测序后指标还显示，过夜孵育组在基因覆盖度和缺失率方面的偏差减少。所有去修饰组与FR的差异表达基因（77-84%）和富集通路（91-97%）重叠度均增加，其中有机催化剂组的重叠度最高。这些结果表明，RNA提取方法的简单改变即可增强FFPE样本的基因组分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。