两栖动物壶菌感染历史偶然性研究代码与数据
该数据集包含 R 分析代码、动物个体层面的关键输入数据以及汇总结果表，用于研究两栖动物壶菌（Batrachochytrium dendrobatidis，Bd）重复感染是否带来渐进性抗性还是历史依赖的遗留效应
基本信息
资源简介
两栖动物壶菌感染历史偶然性研究代码与数据
Code and data for: Historical contingency in amphibian chytrid infection: repeated exposure leaves a skin-associated legacy rather than progressive resistance
该数据集包含 R 分析代码、动物个体层面的关键输入数据以及汇总结果表，用于研究两栖动物壶菌（Batrachochytrium dendrobatidis，Bd）重复感染是否带来渐进性抗性还是历史依赖的遗留效应。实验以病原体未暴露的 Pelophylax nigromaculatus 幼体（n = 92）为对象，分为五个暴露历史组（N、1E–4E），经历零至三次 Bd 感染–清除–恢复循环，每轮 39 天，包括 24 小时浸泡、第 10 天拭子采样、7 天伊曲康唑疗程和 21 天恢复。1E–4E 组随后接受统一终末 Bd 攻击，N 组接受 Ringer's 溶液。数据可用于分析感染历史对皮肤免疫、微生物组及抗性与耐受性的影响（来源 D。
【数据集背景】
源站首次发布：2026。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：本记录包含手稿“Historical contingency in amphibian chytrid infection: repeated exposure leaves a skin-associated legacy rather than progressive resistance”的 R 分析代码、关键动物个体层面输入数据以及汇总结果表。研究概述：我们检验了与两栖动物壶菌 Batrachochytrium dendrobatidis（Bd）重复进行的感染–清除–恢复循环是渐进性增强抗性，还是在宿主中留下历史依赖的遗留效应。病原体未暴露的 Pelophylax nigromaculatus 幼体（n = 92）被分配到五个暴露历史组（N、1E–4E），并接受零至三次 Bd 感染–清除–恢复循环。每个循环为 39 天：24 小时浸泡、第 10 天拭子采样、7 天伊曲康唑疗程以及 21 天恢复。随后，1E–4E 组在相同年龄接受共同的终末 Bd 攻击，而 N 组接受 Ringer's 溶液。
【主题与分类】
主题标签：Batrachochytrium dendrobatidis、chytridiomycosis、cutaneous immunity、exposure history、resistance and tolerance、skin microbiome、Pelophylax nigromaculatus、historical contingency。本站分类：消化系统疾病。
【获取与许可】
源站页面：https://zenodo.org/doi/10.5281/zenodo.23229112
使用许可：Creative Commons Attribution 4.0 International。
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源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.23229112
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本记录包含手稿《两栖动物壶菌感染中的历史偶然性：重复暴露留下皮肤相关遗留效应而非渐进性抗性》的R分析代码、关键动物水平输入数据及汇总结果表。研究概述我们检验了与两栖动物壶菌真菌Batrachochytrium dendrobatidis（Bd）的重复感染—清除—恢复循环是逐步增强抗性，还是在宿主中留下依赖历史的遗留效应。未接触过病原体的黑斑侧褶蛙幼体（n = 92）被分配到五个暴露史组（N、1E–4E），并接受零至三个Bd感染—清除—恢复循环。每个循环为39天：24小时浸泡、第10天拭子采样、7天伊曲康唑疗程以及21天恢复期。随后，1E–4E组在相同年龄接受共同终末Bd攻击，而N组接受林格氏液，所有动物均在1天后（EARLY）或7天后（LATE）采样。
我们并行测量了Bd载量（TaqMan qPCR）、皮肤细菌微生物组（16S rRNA V4扩增子测序）、皮肤免疫基因表达（抗菌肽、IRF5、TNF-α、MHC II类、IgY）、全身生理（唾液皮质酮、血浆杀菌活性）以及相对端粒长度（肾、肝、脾）。文件 - 01_CANONICAL_CODE.zip：18个R脚本构成完整分析流程（步骤01–17）。该流程涵盖数据审计与样本登记构建；QIIME 2导入；微生物组多样性、PERMANOVA和ANCOM-BC2分类学定位；推定抗Bd候选分析；生理、免疫表达和端粒模型；跨领域响应幅度比较；Bd qPCR轨迹和终末检测模型（均值偏差降低逻辑回归）；宿主状态位移–Bd关联及稳健性分析；以及手稿表格和图表的组装。 - 02_KEY_INPUTS.zip：动物级实验
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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