两栖动物圈养期间益生菌治疗恢复抗致死真菌感染保护的数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.ck1qs

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 6.56 GB。

数据说明

宿主相关微生物组发挥着许多有益功能，包括抵抗病原体和训练免疫系统。在此，我们表明，圈养发育的两栖动物失去了大量的皮肤细菌多样性，这主要是由于来自环境来源的持续输入减少。我们将对野生和圈养两栖动物的研究与一个包含超过1000株菌株的数据库相结合，使我们能够检查皮肤微生物组的抗真菌功能。我们追踪了62只濒危北方蟾蜍（Anaxyrus boreas）在圈养条件下的皮肤细菌群落，涵盖18个时间点、四种益生菌处理以及两次暴露于致命真菌病原体Batrachochytrium dendrobatidis（Bd），并将这些与在同一生命阶段从野生种群收集的33个样本进行了比较。随着圈养两栖动物随时间推移失去抑制Bd的细菌，暴露于Bd的个体中被感染的比例在随后的暴露中从33%上升至100%。

接种Bd抑制性益生菌——蓝紫杆菌（Janthinobacterium lividum）后，在第二次Bd感染挑战中存活率提高了40%，这表明微生物组耗竭的影响可通过恢复Bd抑制性细菌而逆转。综上所述，本研究强调了皮肤相关细菌持续的环境输入在减轻一种毁灭性两栖动物病原体中的功能作用，以及长期圈养会削弱这种防御功能。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。