Martin2019 GSE134809 回肠克罗恩病 besca 数据集

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Martin2019 GSE134809 回肠克罗恩病 besca 数据集

Martin2019 GSE134809 Ileal Crohn's dataset for besca 是一个面向消化系统疾病领域的公开数据集，本站将其归类于消化系统疾病 / 克罗恩病方向。该数据集围绕回肠克罗恩病（Ileal Crohn's disease）展开，核心内容为基因表达矩阵，主题涵盖克罗恩病、单细胞分析、回肠、抗TNF治疗、GEO、besca 以及基因表达矩阵等标签。数据集由作者 Hatje, Klas 提供，机构为 Zenodo，发布时间为 2020 年，采用 Creative Commons Attribution 4.0 International 许可协议。整体而言，该数据集为研究克罗恩病病变组织中的基因表达特征、尤其是与抗TNF治疗耐药相关的细胞机制，提供了可供分析的数据基础。

【数据集背景】

克罗恩病是一种消化系统疾病，其病变机制复杂，涉及多种细胞类型与基因表达变化。原始研究由 Martin JC、Chang C、Boschetti G 等人完成，题为 Single-Cell Analysis of Crohn's Disease Lesions Identifies a Pathogenic Cellular Module Associated with Resistance to Anti-TNF Therapy，发表于 Cell 2019 年第 178 卷第 6 期，页码 1493‐1508.e20，DOI 为 10.1016/j.cell.2019.08.008。该研究通过单细胞分析手段，识别出与抗TNF治疗耐药相关的致病性细胞模块。本数据集即基于该研究的数据，并针对 besca 工具进行了再处理，以便于后续分析使用。

【数据内容】

该数据集的核心内容是基因表达矩阵。源站描述指出，基因表达矩阵下载自 GEO，对应编号为 GSE134809。数据集主题标签包括克罗恩病、单细胞分析、回肠、抗TNF治疗、GEO、besca 和基因表达矩阵。本站分类为消化系统疾病 / 克罗恩病。除上述信息外，关于矩阵的具体基因数量、细胞数量、样本数量、分组信息、表达值类型等细节，源站未提供。

【采集与来源】

数据来源为 GEO，具体下载地址为 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE134809。原始数据由 Martin JC、Chang C、Boschetti G 等人发表。本数据集使用 Besca 包（https://github.com/bedapub/besca）对原始数据集进行了再处理。来源站为 doi.org，机构为 Zenodo，发布时间为 2020 年。作者为 Hatje, Klas。除上述来源与处理信息外，关于样本采集地点、采集时间、受试者信息、伦理审批等细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于消化系统疾病领域，尤其是克罗恩病相关的基因表达分析研究。其主题涵盖单细胞分析、回肠、抗TNF治疗等方向，可用于探索克罗恩病病变中的细胞模块、基因表达特征以及与抗TNF治疗耐药相关的机制。由于数据经过 besca 包再处理，也适合使用 besca 或类似单细胞分析流程的研究者进行后续分析。关于具体的适用分析类型、可支持的统计方法或可验证的假设，源站未提供。

【使用方法】

数据集以基因表达矩阵形式提供，可结合 besca 包进行再处理与分析。源站描述中给出了 Besca 包的 GitHub 地址（https://github.com/bedapub/besca），供使用者参考。关于数据加载、预处理步骤、参数设置、分析流程示例等具体操作细节，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集基于已发表研究的数据，并经过 besca 包再处理，采用 Creative Commons Attribution 4.0 International 许可。关于数据质量评估指标、批次效应、缺失值情况、技术偏差、样本代表性等具体质量信息，源站未提供。关于数据的使用限制、适用范围边界或已知局限性，源站未提供。

【引用与许可】

使用该数据集时，应引用原始研究：Martin JC, Chang C, Boschetti G, et al. Single-Cell Analysis of Crohn's Disease Lesions Identifies a Pathogenic Cellular Module Associated with Resistance to Anti-TNF Therapy. Cell. 2019;178(6):1493‐1508.e20. doi:10.1016/j.cell.2019.08.008。数据集本身由 Hatje, Klas 提供，机构为 Zenodo，发布时间为 2020 年，采用 Creative Commons Attribution 4.0 International 许可。关于具体的引用格式、许可条款细节或商业使用限制，源站未提供。