克罗恩病与对照患者回结肠切除术后未受累终末回肠FFPE组织的RNA-seq
数据为对克罗恩病患者与对照患者回结肠切除手术中获取的未受累终末回肠组织（经福尔马林固定、石蜡包埋，FFPE）进行 RNA-seq 所得
基本信息
资源简介
克罗恩病与对照患者回结肠切除术后未受累终末回肠FFPE组织的RNA-seq
E-MTAB-5783 是一个关于克罗恩病的转录组学数据集，来源于 EBI（欧洲生物信息学研究所）的 Expression Atlas 实验记录，属于差异表达类实验。该数据集以人类为研究对象，对克罗恩病患者与对照患者在接受回结肠切除手术时获取的未受累终末回肠组织进行了 RNA-seq 测序。这些组织样本经过福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）处理。数据集在本站被归类于消化系统疾病 / 克罗恩病方向，主题标签为 Differential，可用于比较克罗恩病与对照之间在终末回肠组织中的基因表达差异。
【数据集背景】
克罗恩病是一种消化系统疾病，常累及回肠和结肠区域，患者有时需要接受回结肠切除手术。E-MTAB-5783 正是围绕这一临床场景构建的转录组数据集，其英文全称为“RNA-seq of formalin-fixed, paraffin-embedded uninvolved terminal ileal tissue obtained from ileo-colic resection surgeries of Crohns disease and control patients”。该数据集在 Expression Atlas 中被标记为差异表达实验（Differential），物种为 Homo sapiens。通过比较克罗恩病患者与对照患者的未受累终末回肠组织，该数据集旨在从转录组层面反映两组样本之间的表达差异。
【数据内容】
该数据集的核心内容是 RNA-seq 测序数据，测序对象为终末回肠组织。这些组织取自回结肠切除手术，且被明确标注为“未受累”（uninvolved），即非病变区域。样本经过福尔马林固定、石蜡包埋处理，属于 FFPE 样本类型。数据集包含克罗恩病患者与对照患者两类来源的样本，属于差异表达实验设计，主题标签为 Differential。除上述信息外，源站未提供关于样本数量、测序深度、基因覆盖度、具体差异表达基因列表等更详细的数据内容。
【采集与来源】
数据来源于 ebi.ac.uk 的 Expression Atlas 实验记录，实验编号为 E-MTAB-5783。样本采集自回结肠切除手术，涉及克罗恩病患者与对照患者。组织类型为未受累终末回肠组织，处理方式为福尔马林固定、石蜡包埋。物种为 Homo sapiens。关于采集时间、采集地点、伦理审批信息、患者人口学特征等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于消化系统疾病尤其是克罗恩病相关的转录组研究，可用于探索克罗恩病患者与对照患者在未受累终末回肠组织中的基因表达差异。由于样本为 FFPE 组织，该数据集也可用于评估或展示 FFPE 样本在 RNA-seq 分析中的应用。此外，差异表达实验的设计使其可用于比较两组样本的表达谱，辅助识别潜在的差异表达基因或通路。具体分析目标需结合研究问题确定，源站未提供推荐的分析流程或应用案例。
【使用方法】
该数据集可通过 ebi.ac.uk 的 Expression Atlas 获取，实验编号为 E-MTAB-5783。用户可根据 Expression Atlas 平台提供的界面查看实验信息、样本注释和差异表达结果。关于数据下载格式、处理流程、标准化方法、分析工具等，源站未提供具体说明。使用时需遵循 Expression Atlas 平台的相关规定。
【质量与限制】
该数据集基于 FFPE 组织，此类样本在核酸保存和提取方面可能存在一定局限，但源站未提供具体的质量评估指标。数据集为差异表达实验，样本来自克罗恩病患者与对照患者，但源站未提供样本量、测序质量、批次效应、混杂因素控制等信息。此外，组织标注为“未受累”，但源站未说明其病理确认方式。因此，使用该数据集时需注意上述未提供的信息可能影响结果的解释。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ebi.ac.uk，属于 Expression Atlas 实验记录。关于引用方式、许可协议、使用条款等，源站未提供。用户在使用时应参考 Expression Atlas 平台及原始数据提交者的相关要求。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-MTAB-5783
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Expression Atlas experiment (Differential). Species: Homo sapiens. RNA-seq of formalin-fixed, paraffin-embedded uninvolved terminal ileal tissue obtained from ileo-colic resection surgeries of Crohns disease and control patients
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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