E-GEOD-93624:儿童克罗恩病与对照的RNA-seq

该数据集来自 RISK 研究,包含 210 例未经治疗的儿童克罗恩病患者和 35 例非 IBD 对照的 RNA-seq 表达数据,物种为 Homo sapiens,属于 Expression Atlas 的差异表达实验

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基因组分类Differential
E-GEOD-93624: RNA-seq of 210 treatment-naïve patients of pediatric Crohn's disease and 35 non-IBD controls from the RISK study

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-09

资源简介

E-GEOD-93624:儿童克罗恩病与对照的RNA-seq

E-GEOD-93624 是一个来自 Expression Atlas 的差异表达实验数据集,聚焦于儿童克罗恩病的转录组研究。该数据集收录了 210 例未经治疗的儿童克罗恩病患者以及 35 例非 IBD 对照的 RNA-seq 表达数据,研究物种为 Homo sapiens。作为 RISK 研究的一部分,它为探索儿童克罗恩病在初治状态下的基因表达特征提供了数据基础,在分类上归属于消化系统疾病中的克罗恩病方向,来源站为 ebi.ac.uk。

【数据集背景】

克罗恩病是一种消化系统疾病,儿童患者的疾病表现与成人存在差异,而未经治疗状态下的表达谱能够减少药物干预带来的混杂影响。该数据集来自 RISK 研究,研究对象为 treatment-naïve(未经治疗)的儿童克罗恩病患者,并设置了非 IBD 对照,用于在转录组层面比较患病与对照之间的表达差异。数据集被标注为 Differential,说明其核心用途是差异表达分析,属于 Expression Atlas 中的差异表达实验类型。

【数据内容】

数据集包含 210 例未经治疗的儿童克罗恩病患者和 35 例非 IBD 对照的 RNA-seq 数据,物种为 Homo sapiens。样本分组围绕儿童克罗恩病与非 IBD 对照展开,覆盖了患病组与对照组两类生物学状态。数据以 RNA-seq 表达数据的形式呈现,主题标签为 Differential,表明数据组织方式服务于差异表达结果的展示与分析。

【采集与来源】

该数据集来源于 RISK 研究,来源站为 ebi.ac.uk,属于 Expression Atlas 实验。源站将其描述为 Differential 类型的实验,物种为 Homo sapiens。除上述信息外,关于具体的采样流程、测序平台、建库方法、样本处理细节等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于儿童克罗恩病相关的转录组差异表达研究,可用于比较未经治疗的儿童克罗恩病患者与非 IBD 对照之间的基因表达差异。由于样本均来自 treatment-naïve 患者,适合用于探索疾病在未受治疗干预状态下的表达特征。同时,作为 Expression Atlas 的差异表达实验,也可用于支持消化系统疾病尤其是克罗恩病方向的表达数据检索与二次分析。

【使用方法】

该数据集可通过来源站 ebi.ac.uk 获取,属于 Expression Atlas 实验页面所提供的资源。关于具体的下载方式、文件格式、数据处理流程、分析工具与参数设置等,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集样本量在患病组与对照组之间并不均衡,210 例患者对应 35 例非 IBD 对照。数据来自 RISK 研究,研究对象为儿童人群,因此结论外推至成人或其他人群时需谨慎。关于数据质量评估指标、批次效应、测序深度、覆盖度等具体质量信息,源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与许可条款,源站未提供。

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-GEOD-93624

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Expression Atlas实验(差异表达)。物种:智人。来自RISK研究的210例初治儿童克罗恩病患者和35例非IBD对照的RNA-seq。

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