无柄锯齿状腺瘤/息肉的原始CpG岛甲基化表型

该数据集包含17例无柄锯齿状腺瘤/息肉和15例传统腺瘤的组织样本及其正常黏膜对照的DNA甲基化与RNA测序数据,通过亚硫酸氢盐下一代测序技术检测了约270万个CpG位点的甲基化水平,并分析了样本的转录组信息,主要用于研究结肠癌前病变的表观遗传特征、鉴别不同息肉类型的甲基化模式差异,以及开发基于甲基化标志物的早期诊断与预警工具。

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2019-04-10 更新
浏览 25
Sessile serrated adenoma/polypadenomatous polypcolon cancerDNA methylation
The proto CpG island methylator phenotype of sessile serrated adenomas/polyps

基本信息

大小
0.034496615 GB
许可
CC BY 4.0
创建/更新时间
2019-04-10
版本
v1

资源简介

无柄锯齿状腺瘤/息肉的原始CpG岛甲基化表型

【数据集背景】

本数据集源站标题为《The proto CpG island methylator phenotype of sessile serrated adenomas/polyps》。配套论文《The proto CpG island methylator phenotype of sessile serrated adenomas/polyps》发表于 Epigenetics(2018),DOI:10.1080/15592294.2018.1543504。项目资助方:Schweizerischer Nationalfonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung [310030-160163/1].。源站首次发布:2018-11-06。

【数据内容】

源站原始描述:Sessile serrated adenomas/polyps (SSA/Ps) are the putative precursors of the ~20% of colon cancers with the CpG island methylator phenotype (CIMP). To investigate the epigenetic phenotype of these precancers, we prospectively collected fresh-tissue samples of 17 SSA/Ps and 15 conventional adenomas (cADNs), each with a matched sample of normal mucosa. Their DNA was subjected to bisulfite next-generation sequencing to assess methylation levels at ~2.7 million CpGs located predominantly in gene reg…

【数据结构与技术规格】

文件数 13 个,合计 34.50 MB。Parker H et al_Supplementary Material.docx:application/vnd.openxmlformats-officedocument.wordprocessingml.document,50.59 KB。SUPPLEMENTARY FIGURE 1.pdf:application/pdf,220.95 KB。SUPPLEMENTARY FIGURE 2.pdf:application/pdf,1.18 MB。数据集 DOI:10.6084/m9.figshare.7302227.v1。

【主题与分类】

源站学科分类:Biochemistry、Microbiology、Cell Biology、Genetics、Molecular Biology、Pharmacology。主题标签:Sessile serrated adenoma/polyp、adenomatous polyp、colon cancer、DNA methylation。

【适用方向】

源站学科分类标注为 Biochemistry、Microbiology、Cell Biology、Genetics、Molecular Biology、Pharmacology。

【获取与许可】

源站页面:https://tandf.figshare.com/articles/dataset/The_proto_CpG_island_methylator_phenotype_of_sessile_serrated_adenomas_polyps/7302227

使用许可:CC BY 4.0(https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)。

规范引用:The proto CpG island methylator phenotype of sessile serrated adenomas/polyps. Taylor & Francis. R. Parker, Hannah; Orjuela, Stephany; Oliveira, Andreia Martinho; Cereatti, Fabrizio; Sauter, Matthias; Heinrich, Henriette; et al

【使用注意】

· 源站最后修改于 2023-05-31,引用时请注意版本时效。

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源站:https://figshare.com/articles/dataset/The_proto_CpG_island_methylator_phenotype_of_sessile_serrated_adenomas_polyps/7302227

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数据说明

该数据集聚焦于无柄锯齿状腺瘤/息肉(SSA/Ps)的表观遗传特征研究。SSA/Ps被认为是约20%具有CpG岛甲基化表型(CIMP)结肠癌的前体病变。数据集包含17例SSA/Ps和15例传统腺瘤(cADNs)的新鲜组织样本,每例均配有正常黏膜对照样本。通过亚硫酸氢盐下一代测序技术,检测了约270万个CpG位点的甲基化水平,这些位点主要位于基因调控区域,覆盖80.5Mb基因组区域;同时进行了RNA测序以分析样本的转录组。研究发现SSA/Ps表现出独特的甲基化模式(称为原始CIMP),其特征是CpG岛及岸区的广泛高甲基化,且与基因表达上调相关,而cADNs则以低甲基化区域为主。该数据集为理解结肠癌前病变的表观遗传机制提供了重要资源,可用于开发基于DNA甲基化的生物标志物,辅助SSA/Ps和cADNs的鉴别诊断与早期预警。

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