GSE148331：深静脉血栓中circRNA rno_CIRCpedia_1953的表达及可能机制（RNA）
该数据集来自 NCBI GEO，聚焦深静脉血栓中环状 RNA rno_CIRCpedia_1953 的表达及可能机制，采用高通量测序进行表达谱分析
基本信息
资源简介
GSE148331：深静脉血栓中circRNA rno_CIRCpedia_1953的表达及可能机制（RNA）
GSE148331 数据集来自 NCBI GEO，主题为深静脉血栓中环状 RNA rno_CIRCpedia_1953 的表达及可能机制，采用高通量测序进行表达谱分析。该数据集属于心血管系统疾病 / 静脉血栓形成方向，源站标题为“Expression and Possible Mechanism of circular RNA rno_CIRCpedia_1953 in Deep Venous Thrombosis (RNA)”。数据集由 Baolan，Sun 提交，发布时间为 Apr 08 202，包含 1 个数据文件，样例文件为 GSE148331_series_matrix.txt.gz。整体来看，该数据集围绕静脉血栓栓塞的可能发病机制，从 circRNA 角度展开表达谱层面的探索，适合关注深静脉血栓分子机制、环状 RNA 表达变化及高通量测序表达谱分析的研究者参考使用。
【数据集背景】
该数据集的研究目的为从 circRNA 角度探索静脉血栓栓塞的可能发病机制。深静脉血栓形成属于静脉血栓栓塞范畴，本数据集聚焦于环状 RNA rno_CIRCpedia_1953 在深静脉血栓中的表达及其可能机制，采用高通量测序开展表达谱分析。源站标题明确指向该环状 RNA 在深静脉血栓中的表达与可能机制，说明数据集的核心关注点在于特定 circRNA 的表达特征及其在疾病机制研究中的潜在意义。数据集所属分类为心血管系统疾病 / 静脉血栓形成，主题标签包括 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL14844 与 10116。
【数据内容】
该数据集包含 1 个文件，样例文件名为 GSE148331_series_matrix.txt.gz，文件格式为 GZIP 压缩包。数据内容为高通量测序产生的表达谱数据，围绕深静脉血栓样本中环状 RNA rno_CIRCpedia_1953 的表达及可能机制展开。源站未提供样本数量、分组设计、测序平台细节之外的更多内容说明，也未提供具体的表达矩阵字段结构、基因注释信息或差异表达分析结果。主题标签中的 GPL14844 与 10116 分别对应平台与物种相关的标识信息，可用于在 GEO 体系中定位该数据集的平台与物种背景。
【采集与来源】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，即 NCBI GEO 数据库，由 Baolan，Sun 提交，发布时间为 Apr 08 202。源站描述仅说明研究目的为从 circRNA 角度探索静脉血栓栓塞的可能发病机制。源站未提供样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、测序服务提供方及具体实验流程等细节。数据以 GSE148331_series_matrix.txt.gz 形式提供，属于 GEO 系列矩阵文件，便于研究者按系列层面获取表达谱信息。
【适用场景】
该数据集适用于深静脉血栓形成及静脉血栓栓塞相关的基础研究场景，尤其是从环状 RNA 角度探讨疾病分子机制的表达谱分析。研究者可将其用于了解 rno_CIRCpedia_1953 在深静脉血栓中的表达情况，并作为 circRNA 表达谱研究的参考数据。由于采用高通量测序进行表达谱分析，该数据也可用于方法学层面的表达谱数据读取、字段核对与批量接入流程验证。源站未提供该数据集在临床诊断、预后评估或药物靶点筛选等方向的具体应用结论，相关用途需结合使用者自身研究设计判断。
【使用方法】
使用该数据集时，可先下载数据文件 GSE148331_series_matrix.txt.gz，按 GZIP 压缩包格式进行读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入，以避免因字段结构或编码差异导致解析错误。由于该文件为系列矩阵文件，读取后应结合主题标签中的平台与物种标识信息理解数据背景。源站未提供具体的分析流程、标准化方法或差异分析参数，使用者需依据自身分析目的选择相应处理方式。
【质量与限制】
该数据集仅包含 1 个文件，数据规模与样本组成信息源站未提供，无法据此判断样本量、分组均衡性及统计效力。源站未提供数据质量控制指标、测序深度、重复性验证或缺失值处理说明，也未提供该环状 RNA 表达结果的独立验证信息。发布时间为 Apr 08 202，源站未提供后续更新记录。使用者在引用该数据集结论时应结合原始研究文献，并注意其作为表达谱数据的探索性质，不宜直接外推为临床结论。
【引用与许可】
该数据集的作者为 Baolan，Sun，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。源站未提供具体的引用格式、期刊文献信息及数据使用许可条款。使用者在下载、分析及发表相关成果时，应遵循 NCBI GEO 的通用数据使用规范，并依据源站页面信息确认引用方式与许可要求。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE148331
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
目的：从circRNAs角度探讨静脉血栓栓塞症可能的发病机制。方法：采用狭窄法建立SD大鼠下腔静脉血栓模型。分别于1h、6h、12h和3d采集DVT大鼠外周血样本，采用Illumina circRNAs和mRNA进行测序。采用STEM分析软件对差异circRNAs和mRNA进行分析。选取能反映血栓演变过程的聚类进行深入分析，并根据所选聚类的通路富集分析筛选circRNAs和mRNA。采用实时荧光定量PCR（qPCR）对候选circRNAs和mRNA进行验证和确定。在DVT大鼠体内验证目标circRNA的功能。分别通过在线数据库预测circRNAs和mRNA相互作用的miRNAs。整合miRNAs相关信息确定候选miRNAs，并通过qPCR进行验证。结果：采用狭窄法成功建立SD大鼠深静脉血栓模型。
在模型组中，1h、6h、12h和3d分别有736、3691、3406和2639个circRNAs上调，944、327、318和397个circRNAs下调。与Sham组相比，模型组在1h、6h、12h和3d分别有169、885、298和500个mRNA上调，231、291、75和73个mRNA下调。STEM分析发现，cluster 45与血栓发展相似。在cluster 45中选择了与血小板功能相关的通路，并结合血小板通路中的基因、cluster 45的注释基因以及mRNA-circRNA相互作用网络，选取了10个circRNAs和4个相互作用的mRNAs进行qPCR验证。根据qPCR结果以及是否在大鼠circRNA数据库（CIRCpedia-V2）中找到ID，确定CBT15_circR_3235（CIRCpedia-V2中的ID：rno_CIRCpedia_1953）为目标circRNA。在体内，敲低rno_CIRCpedia_1953可减弱大鼠DVT的形成。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
![Med14磷酸化塑造GLP-1激动剂基因组响应[ATAC-seq]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/221582.jpg)
