FHH与Nr4a1缺陷大鼠肾脏基因表达数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE54714

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Nr4a1缺陷大鼠(Nr4a1-/-)是利用Fawn Hooded高血压大鼠(FHH)培育而成的，后者提供了易患肾损伤的遗传背景。对两组动物的血压、蛋白尿、肾功能及全转录组基因通路变化进行了评估。分别于第8周、第16周和第24周，利用FHH大鼠和Nr4a1-/-大鼠的肾脏进行基因表达谱分析。为鉴定FHH与Nr4a1-/-之间的差异表达基因，采用了两种统计学方法：(1)FWER(族错误率)法，p<0.05且倍数变化≥±1.2；和/或(2)Benjamani和Hochberg FDR(错误发现率)法，p<0.05且倍数变化≥±1.2。采用p<0.01或更低的双因素方差分析来鉴定组间的品系×时间交互效应。通过Ingenuity Pathways Analysis对基因网络和功能进行分析评估。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。