Set 1_S1_raw_gene:肾动脉狭窄肾脏单细胞基因表达数据

该数据集来自 figshare,包含 1 个 raw_gene_bc_matrices_h5.h5 文件,为肾动脉狭窄(RAS)相关的小鼠肾脏单细胞 RNA 测序原始基因表达数据

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2020-09-24 更新
浏览 2
基因组分类Senescence Cellular senescence
Set 1_S1_raw_gene

基本信息

模态
基因组
大小
0.044687268 GB
任务类型
分类
许可
CC BY 4.0
创建/更新时间
2020-09-24
版本
v1

资源简介

Set 1_S1_raw_gene:肾动脉狭窄肾脏单细胞基因表达数据

Set 1_S1_raw_gene

该数据集来自 figshare,包含 1 个 raw_gene_bc_matrices_h5.h5 文件,为肾动脉狭窄(RAS)相关的小鼠肾脏单细胞 RNA 测序原始基因表达数据。源站描述指出,研究利用 INK-ATTAC 转基因小鼠、高分辨率成像及无偏 scRNA-sequencing,发现细胞衰老是狭窄后肾脏肾上皮/基质细胞进行性损伤的重要机制,且该机制在 RAS 患者中保守。数据可用于探索肾动脉狭窄中细胞衰老相关基因表达模式及缺血性肾损伤机制(来源 figshare,CC BY 4.0 许可)。

【数据集背景】

源站首次发布:2020-09-24。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):肾动脉狭窄(RAS)会导致狭窄侧肾脏缺血、功能障碍和损伤,但这些过程是否由细胞衰老介导尚未阐明。作者利用 INK-ATTAC 转基因小鼠、高分辨率成像以及对小鼠肾脏的无偏 scRNA 测序,发现细胞衰老是狭窄后肾脏内肾上皮/基质细胞触发进行性损伤的重要机制。P16 特异性干预以及广谱槲皮素/达沙替尼干预均可减轻衰老,改善肾功能和结构,凸显其在疾病发病机制中的核心作用。此外,该机制在 RAS 人类受试者中保守存在。这些观察揭示了参与慢性缺血性肾损伤发病机制的新机制,并支持开发衰老细胞清除疗法以减少衰老细胞负荷并延缓肾脏

【数据结构与技术规格】

文件数 1 个,合计 44.69 MB。数据集 DOI:10.6084/m9.figshare.13003169.v1。

【主题与分类】

源站学科分类:Gene expression (incl. microarray and other genome-wide approaches)。主题标签:Senescence Cellular senescence。本站分类:心血管系统疾病/肾动脉狭窄。

【适用方向】

源站学科分类标注为 Gene expression (incl. microarray and other genome-wide approaches)。

【获取与许可】

源站页面:https://figshare.com/articles/dataset/Set_1_S1_raw_gene/13003169

使用许可:CC BY 4.0(https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)。

规范引用:Lerman, Lilach (2020). Set 1_S1_raw_gene. figshare. Dataset

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使用方式

数据集获取(Figshare)

命令行下载

curl -L -o "raw_gene_bc_matrices_h5.h5" "https://ndownloader.figshare.com/files/24775895"

文件清单

  • raw_gene_bc_matrices_h5.h5(44.69 MB)

文件总体积 44.69 MB(源站 API 实测)。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

数据说明

肾动脉狭窄(RAS)会导致狭窄侧肾脏缺血、功能障碍和损伤,但这些过程是否由细胞衰老介导尚未阐明。利用INK-ATTAC转基因小鼠、高分辨率成像以及小鼠肾脏的无偏单细胞RNA测序(scRNA-seq),作者发现细胞衰老是狭窄后肾脏内肾上皮/基质细胞中触发的进行性损伤的重要机制。无论是P16特异性干预还是广谱的槲皮素/达沙替尼干预以抑制衰老,均改善了肾功能和结构,凸显了其在疾病发病机制中的核心作用。此外,该机制在RAS患者中具有保守性。这些观察揭示了参与慢性缺血性肾损伤发病机制的新机制,并支持开发衰老细胞清除疗法以减轻衰老细胞负荷并延缓肾损伤。

许可

CC BY 4.0

引用

学术使用请引用 DOI 10.6084/m9.figshare.13003169.v1(source: https://figshare.com/articles/dataset/Set_1_S1_raw_gene/13003169)。

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