PRJNA678108：心肌梗死后心脏组织高通量测序表达谱
该数据集来自 NCBI，收录野生型与 ACKR4 敲除小鼠心肌梗死后第 14 天心脏组织的高通量测序表达数据，属于循环系统疾病中心力衰竭相关研究
基本信息
资源简介
PRJNA678108：心肌梗死后心脏组织高通量测序表达谱
PRJNA678108 是一个基于高通量测序的表达谱数据集，来源于 NCBI，归入循环系统疾病中的心力衰竭方向。该数据集围绕心肌梗死后的心脏纤维化与心力衰竭进程展开，聚焦非典型趋化因子受体 ACKR4 在心肌梗死心脏中的作用。研究者采集了野生型小鼠与 ACKR4 敲除小鼠在心肌梗死后第 14 天的心脏组织，通过高通量测序获得表达数据，用以比较两种基因型之间的转录表达差异。数据表明，ACKR4 缺失导致与细胞外基质、趋化性和细胞因子活性相关的基因表达显著下调。该数据集以原始序列读段的形式提供，可供心力衰竭及心肌梗死后心脏重构相关研究参考使用。
【数据集背景】
心肌梗死后的纤维化瘢痕形成与患者心力衰竭的发生密切相关。ACKR4 是一种非典型趋化因子受体，能够清除稳态趋化因子，例如 CCL21，而 CCL21 与缺血性心力衰竭患者的死亡率独立相关。然而，ACKR4 在心肌梗死过程中心脏内的作用尚未被完全理解。相关研究显示，小鼠心肌梗死后心脏中 ACKR4 表达上调，而敲除 ACKR4 可改善心肌梗死后的心脏功能损伤。该数据集正是在这一研究背景下产生，用于从转录组层面刻画 ACKR4 缺失对心肌梗死心脏基因表达的影响。
【数据内容】
该数据集收录的是野生型（WT）与 ACKR4 敲除（ACKR4-KO）小鼠在心肌梗死后第 14 天心脏组织的表达数据，数据类型为高通量测序表达谱，主题标签为原始序列读段（Raw sequence reads）。研究通过比较两种基因型小鼠心脏组织的表达谱，发现 ACKR4 缺失导致与细胞外基质、趋化性及细胞因子活性相关的基因出现强烈下调。这些数据反映了心肌梗死后第 14 天这一时间点上，ACKR4 对心脏转录程序的影响，尤其是对与纤维化和炎症趋化相关的基因表达的影响。
【采集与来源】
该数据集来自 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），数据集英文名称为 PRJNA678108: Expression profiling by high throughput sequencing。样本材料为小鼠心脏组织，取材时间点为心肌梗死后第 14 天，分组包括野生型与 ACKR4 敲除两类。关于测序平台、样本数量、建库方法、测序深度等具体技术细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于心力衰竭尤其是心肌梗死后心脏重构相关的研究场景，可用于考察 ACKR4 缺失对心脏转录组的影响，分析与细胞外基质、趋化性和细胞因子活性相关基因的表达变化；也可作为心肌梗死后第 14 天小鼠心脏表达谱的参考数据，用于与其它心肌梗死或心力衰竭相关表达数据进行比较分析。此外，对于关注非典型趋化因子受体在心脏中作用机制的研究，该数据集提供了可供挖掘的原始序列读段资源。
【使用方法】
该数据集以原始序列读段形式提供，使用前通常需要进行读段质量控制、比对到参考基因组、表达定量与差异表达分析等标准高通量测序数据处理流程，并在分析中按基因型（野生型与 ACKR4 敲除）和取材时间点（心肌梗死后第 14 天）对样本进行分组比较。具体的分析流程、参考基因组版本及参数设置，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集仅包含野生型与 ACKR4 敲除小鼠在心肌梗死后第 14 天心脏组织的表达数据，时间点单一，物种为小鼠，向其他时间点、其他物种或临床样本的外推需谨慎。关于样本量、测序质量指标、重复设置及数据质控结果等信息，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集来源于 NCBI，数据集标识为 PRJNA678108。关于引用方式与使用许可的具体条款，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA678108
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
纤维化瘢痕形成与心肌梗死（MI）后患者心力衰竭的发生密切相关。ACKR4是一种非典型趋化因子受体，能够清除稳态趋化因子，例如CCL21，而CCL21与缺血性心力衰竭患者的死亡率独立相关。然而，ACKR4在MI期间心脏中的作用尚未完全明确。我们在此表明，小鼠MI后心脏中ACKR4表达上调。敲除ACKR4可改善MI后的心脏功能损伤。在本数据集中，我们纳入了MI后第14天WT和ACKR4-KO小鼠心脏组织获得的表达数据。结果显示，ACKR4缺失导致与细胞外基质、趋化性和细胞因子活性相关的基因表达强烈下调。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失？
依托陕西、四川两大基地，我们与超过十家三甲医院建立直接合作关系，覆盖合规授权、采集治理、专业标注、数据交付的全流程，为AI医疗团队提供即拿即用的高质量临床数据。
⚡️ 需要数据支持或标注服务？立即联系我们获取专业方案。
