Eif4ebp1与Eif4ebp2双敲低大鼠TAC模型转录组测序
该数据集为Eif4ebp1/Eif4ebp2双敲低（DKD）大鼠在横向主动脉缩窄（TAC）诱导压力超负荷后的心脏组织RNA测序原始序列数据，包含野生型与DKD的Sham对照及TAC四组实验设计
基本信息
资源简介
Eif4ebp1与Eif4ebp2双敲低大鼠TAC模型转录组测序
PRJNA1418334 数据集聚焦于压力超负荷诱导的心脏病理重塑过程，通过对野生型与 Eif4ebp1/Eif4ebp2 双敲低（DKD）大鼠实施横向主动脉缩窄（TAC）手术，采集心脏组织进行 RNA 测序，获得原始序列读段。该数据集属于循环系统疾病中心力衰竭研究方向，旨在从转录组层面识别由 4EBP1 和 4EBP2 调控的差异表达基因及信号通路，为理解压力超负荷所致心肌肥厚与心力衰竭的分子机制提供原始测序数据基础。整体设计涵盖野生型与 DKD 两类基因型在 Sham 对照与 TAC 处理条件下的四组实验比较。
【数据集背景】
病理性心脏重塑是压力超负荷等血流动力学应激引发心肌肥厚并进展为心力衰竭的重要过程。4EBP1 与 4EBP2 作为翻译调控相关蛋白，其在心脏病理重塑中的作用尚需在体转录组层面加以解析。该数据集正是围绕这一科学问题而构建：通过将 Eif4ebp1 与 Eif4ebp2 同时敲低，并与野生型对照进行比较，在 TAC 诱导的压力超负荷模型中观察心脏组织基因表达的变化，从而定位受 4EBPs 调控的差异表达基因与信号通路。数据集所属分类为循环系统疾病 / 心力衰竭，来源站点为 ncbi.nlm.nih.gov。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，即原始序列读段，属于 RNA 测序产生的原始数据。其研究对象为大鼠心脏组织，实验设计包含四个组别：野生型 Sham 对照组、Eif4ebp1/Eif4ebp2 双敲低 Sham 对照组、接受 TAC 手术以诱导压力超负荷的野生型组，以及接受 TAC 手术的双敲低组。四组设计使得基因型效应（野生型与 DKD）与手术应激效应（Sham 与 TAC）可以在同一实验框架内进行比较，为后续差异表达基因分析和信号通路分析提供原始测序输入。数据集本身以原始序列读段形式提供，不包含经过汇总的差异表达结果表。
【采集与来源】
数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。样本采集自野生型与 Eif4ebp1/Eif4ebp2 双敲低大鼠的心脏组织，其中部分动物接受横向主动脉缩窄手术以诱导压力超负荷，另设 Sham 对照。测序类型为 RNA 测序，产出数据为原始序列读段。关于测序平台、读长、样本量、建库方法等具体技术参数，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于压力超负荷诱导心肌肥厚与心力衰竭相关的转录组研究，可用于识别由 4EBP1/4EBP2 调控的差异表达基因及信号通路，也可用于比较野生型与双敲低大鼠在 Sham 与 TAC 条件下的心脏基因表达谱差异。由于提供的是原始序列读段，适合具备 RNA 测序数据处理能力的科研人员用于重新比对、定量与下游分析。关于该数据集在其他疾病模型或临床转化场景中的适用性，源站未提供。
【使用方法】
使用该数据集时，通常需要先获取原始序列读段，经质量控制、比对至大鼠参考基因组、表达定量与差异表达分析等标准转录组流程，再按四组实验设计进行组间比较，以解析基因型与 TAC 处理的主效应及其交互作用。具体分析流程、参数设置与推荐工具，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为原始序列读段，未提供经过处理的表达矩阵或差异分析结果，使用者需自行完成数据处理与质量控制。样本量、测序深度、重复数及质控指标等信息源站未提供。数据集基于大鼠 TAC 模型，其结论向其他物种或临床情境的外推需谨慎，相关外推依据源站未提供。
【引用与许可】
该数据集来自 ncbi.nlm.nih.gov，具体引用方式与许可条款源站未提供。
下载信息
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暂未开放公开下载
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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1418334
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
为探究4EBP1和4EBP2在病理性心脏重构中的作用，我们对野生型(WT)和Eif4ebp1/Eif4ebp2双基因敲低(DKD)大鼠的心脏组织进行了RNA测序。研究设计包括四个实验组：(1) WT对照组(Sham)，(2) Eif4ebp1/Eif4ebp2 DKD对照组(Sham)，(3) 接受横向主动脉缩窄(TAC)以诱导压力负荷的WT组，以及(4) 接受TAC的Eif4ebp1/Eif4ebp2 DKD组。本数据集旨在鉴定在压力负荷诱导的心脏肥厚和心力衰竭背景下由4EBPs调控的差异表达基因和信号通路。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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