腹水易感与腹水抗性鸡表型及全转录组基因表达数据比较分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE122745

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

腹水综合征（AS）是一种主要发生于肉用型鸡较晚日龄的代谢性疾病。尽管已有大量研究，但关于该综合征的起源仍未达成共识。我们的主要目的是利用表型数据和RNA-Seq数据研究该综合征，以阐明使鸡只易患AS的最主要致病因素。表型数据分析表明，AS指标性状（AITs）具有中到高遗传力。AITs与生长相关性状（GRTs）之间不存在一致的直接遗传相关性，表明较快的生长速度和较重的体重均不是影响肉鸡对AS易感性的最主要因素。然而，呼吸能力被揭示为使鸡只易患AS的最可能因素，因为肺重量和肺百分比均与AITs呈负相关。转录组数据分析揭示了腹水组与健康组之间有125个差异表达基因（DEGs）。

腹水组中上调基因主要富集于气体运输生物学过程，而下调基因则涉及对细菌的防御反应、生物黏附、细胞黏附、杀伤其他生物细胞及细胞分裂。DEGs与人类心血管疾病的遗传关联提示腹水雏鸡存在过度的心脏问题。心脏很可能是AS易感鸡小型呼吸系统功能不全时最先受累的组织。换言之，组织缺氧导致自由基在心脏细胞中聚集，这可能是最终导致心脏衰竭、窒息以及雏鸡因AS死亡的一系列事件的开端。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。