预设基准中单细胞数据集资格的可审计策展资源

该资源记录了一项数据集资格裁决的完整决策过程,即判断是否有任何公开人类单细胞 RNA 测序数据集满足某一预设基准的底物要求

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2026-10-09 更新
浏览 16
基因组分类single-cell RNA sequencingdataset eligibilitydata curationbenchmarkingreproducibilityaudit trailprespecificationGene Expression Omnibusmetadata qualitynull result
Auditable curation resource for single-cell dataset eligibility in a prespecified benchmark

基本信息

模态
基因组
大小
0.001955761 GB
任务类型
分类
许可
Creative Commons Attribution 4.0 International
创建/更新时间
2026-10-09
版本
v1.0.0

资源简介

预设基准中单细胞数据集资格的可审计策展资源

Auditable curation resource for single-cell dataset eligibility in a prespecified benchmark

该资源记录了一项数据集资格裁决的完整决策过程,即判断是否有任何公开人类单细胞 RNA 测序数据集满足某一预设基准的底物要求。经归档的 GEO DataSets 查询返回 2,638 个人类系列登录号,两轮机械预筛后剩 1,560 个,随后进入按升序应用的七道裁决阶梯,首个决定性失败即终止,未解决的证据不计为失败,每个登录号仅依据自身样本判定,最终无登录号合格。该存档是裁决的审计轨迹而非生物学数据集,可用于复现资格筛选流程、审查元数据质量与预设基准的可重复性(来源 DOI 解析,Creative Commons Attribution 4.0 International 许可)。

【数据集背景】

源站首次发布:2026。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):该记录保存了一项数据集资格裁决的完整决策记录:是否有任何公开人类单细胞 RNA 测序数据集满足某一预设基准的底物要求。一次归档的 GEO DataSets 查询返回了 2,638 个人类系列登录号。两个机械预筛阶段将其缩减至 1,560 个,这些登录号进入按升序应用的七道裁决阶梯:首个决定性失败即终止,未解决的证据从不计为失败,每个登录号仅依据其自身样本进行判定。没有任何登录号合格。该存档是该项裁决的审计轨迹,而非生物学数据集,并且围绕三个相互保持分离的层进行组织。科学终点是全部 1,560 个登录号首次持有终局裁决时的账本状态,即触发停止规则的状态;其校验和从未更改。

【主题与分类】

主题标签:single-cell RNA sequencing、dataset eligibility、data curation、benchmarking、reproducibility、audit trail、prespecification、Gene Expression Omnibus、metadata quality、null result。本站分类:心血管系统疾病/冠状动脉痉挛。

【获取与许可】

源站页面:https://zenodo.org/doi/10.5281/zenodo.23261584

使用许可:Creative Commons Attribution 4.0 International。

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源站:https://doi.org/10.5281/zenodo.23261584

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  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 2.0 MB。

数据说明

本记录保存了一次数据集资格裁决的完整决策记录:即是否存在任何公开的人类单细胞RNA测序数据集满足某一预设基准的底物要求。一次存档的GEO DataSets查询返回了2,638个人类系列登录号。两个机械预筛选阶段将其缩减至1,560个,这些登录号进入了一个按升序应用的七道门裁决阶梯:首个结论性失败即为终止,未解决的证据从不计为失败,每个登录号均依据其自身样本进行判定。没有任何登录号符合资格。该存档是上述裁决的审计轨迹,而非一个生物学数据集,并且围绕三个相互隔离的层次进行组织。科学终点是全部1,560个登录号首次持有终止性裁决时的台账状态,即触发停止规则的状态;其校验和永不改变。冻结后的归一化分析状态是最终台账,所有报告结果均源自该台账;在 intervening patches 期间,登录号集合、每个状态值、每个排除代码以及23个登录号显式供体阈值通过队列的成员构成均保持不变。

发表表示层保存已发表主表背后的核心字段提取结果,以及将每个归档对象映射到其发表对应项的对照表。同时存放的还有:冻结的分析计划、归档的候选全集、预筛选记录、来源与审计记录、图规范与矢量图、AI辅助起草记录、双语裁定理由表,以及生成每个报告数字的生成器脚本。清单载有每个文件的大小和SHA-256校验和。该记录不包含个体级数据,也不包含受限数据:每条输入记录都是公开归档的GEO系列登录号,候选筛选未重新分析任何表达矩阵。Jin、Chen和Wang贡献相同。Shu和Li为共同通讯作者。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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