ROOD-MRI

ROOD-MRI是一个用于评估MRI分割模型对分布偏移和损坏鲁棒性的基准数据集,包含257个样本,针对海马体、脑室和白质高信号的分割任务。

多伦多大学医学物理系多伦多大学医学物理系
arXiv
2022-03-12 更新
浏览 24
医学影像脑部MRI分割

基本信息

模态
医学影像
创建/更新时间
2022-03-12

资源简介

ROOD-MRI是一个用于评估深度神经网络在MRI分割中对分布外数据、损坏和伪影鲁棒性的基准数据集。包含257个样本,针对海马体、脑室和白质高信号的分割任务,数据通过模拟MRI中的分布偏移和损坏生成。应用于神经退行性疾病和认知衰退研究,以及临床诊断、预后和治疗规划。

原始链接

https://github.com/AICONSlab/roodmri

arXiv 论文 →
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使用方式

数据集获取

git clone https://github.com/AICONSlab/roodmri.git

curl -L -o repo.zip https://github.com/AICONSlab/roodmri/archive/refs/heads/main.zip
unzip repo.zip

源站 README 摘录(使用方式)

Getting started

The examples folder contains example scripts for working with the DatasetGenerator class and calculate_metrics function. We will be adding more examples to this folder, stay tuned!

The basic workflow is:

  1. Generate a benchmarking dataset from a pre-existing test set using the DatasetGenerator class.
  2. Evaluate a trained model on the benchmarking dataset, generating a
    dataframe or .csv file containing segmentation metrics for each sample.
  3. Calculate benchmarking/robustness metrics from the dataframe/.csv generated
    in step 2 using calculate_metrics.

Dependencies for this library are listed in the requirements.txt file (including MONAI and TorchIO).

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

完整仓库:github.com/AICONSlab/roodmri

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