终末期核纤层蛋白心脏病心房与心室心肌蛋白质组

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD040488

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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数据说明

背景：核纤层蛋白A/C（由LMNA基因编码）可导致扩张型心肌病（DCM）。目的：本研究旨在对心肌组织进行蛋白质组学分析，以探索终末期核纤层蛋白心脏病的后基因组表型。方法：连续纳入接受心脏移植的终末期核纤层蛋白心脏病患者（LMNA组，n=7）和缺血性DCM患者（ICM组，n=7）。样本取自左心房（LA）、左心室（LV）、右心房（RA）、右心室（RV）和室间隔（IVS）。采用液相色谱结合质谱法进行蛋白质定量。我们比较了LMNA组与ICM组心脏样本中的蛋白质浓度。若定量差异达1.5倍且校正p值<0.05（错误发现率为0.01），则认为蛋白质丰度存在差异。基因本体（GO）富集分析探讨了相关生物学过程。结果：在LMNA和ICM样本中共鉴定出4,247种蛋白质，其中LA有633种、LV有39种、RA有181种、RV有52种、IVS有85种蛋白质丰度存在差异。

与ICM相比，LMNA LA/RA组织中lamin A/C丰度降低而lamin B（LMNB）升高，但LV/RV中未见此变化。与ICM相比，LMNA的LV/RV中甲状腺素运载蛋白丰度更高，而LMNA的RA/LA中titin和心脏肌球蛋白重链等肌节蛋白普遍降低。蛋白质表达谱分析和GO富集分析显示，LMNA样本中存在肌少症、细胞外基质（ECM）重塑、心肌能量代谢缺陷、氧化还原失衡及钙处理异常。结论：核纤层蛋白心脏病是一种双心室和双心房疾病，以肌少症、代谢异常和ECM重塑为特征。在终末期核纤层蛋白心脏病患者的心房和心室中，LMNB和甲状腺素运载蛋白分别出现意外的高丰度，可能提示存在代偿反应的可能性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。