T2D-GENES 多族裔外显子组测序研究：KARE

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/dbgap/phs001096

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

T2D-GENES（多族裔样本二代测序2型糖尿病遗传探索）是由NIDDK资助的国际研究联盟，旨在通过多族裔测序研究识别2型糖尿病（T2D）的遗传变异。T2D-GENES项目1是一项多族裔测序研究，旨在评估较少见变异是否在T2D风险中发挥作用，并评估不同祖先群体中T2D风险变异分布的相似性和差异。个体来自表1所列的14个队列。策略是对12,940名个体进行深度外显子组测序，其中6,504例T2D患者和6,436名对照，分为五个祖先群体：欧洲人、东亚人、南亚人、美洲西班牙裔和非洲裔美国人。测序在Broad Institute使用Agilent v2捕获试剂在Illumina HiSeq机器上进行。请注意，虽然我们在出版物和下文总结了完整样本列表，但奥格斯堡地区健康合作研究（KORA）没有子研究，因为它未同意存入dbGAP。表1。

T2D-GENES全外显子组测序研究 祖先 研究 原产国 #病例 #对照 非裔美国人 杰克逊心脏研究 美国 502 527 非裔美国人 维克森林医学院研究 美国 518 532 东亚 韩国协会研究项目 韩国 526 561 东亚 新加坡糖尿病队列研究；新加坡前瞻性研究计划 新加坡（华人） 486 592 欧洲 德系犹太人 美国、以色列 506 352 欧洲 男性代谢综合征研究（METSIM） 芬兰 484 498 欧洲 芬兰-美国非胰岛素依赖型糖尿病遗传学研究（FUSION） 芬兰 472 476 欧洲 奥格斯堡地区合作健康研究（KORA） 德国 97 90 欧洲 英国2型糖尿病遗传学联盟（UKT2D） 英国 322 320 欧洲 马尔默-博特尼亚研究 芬兰、瑞典 478 443 西班牙裔 圣安东尼奥家庭心脏研究，圣安东尼奥家庭糖尿

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。