PXD000354：大鼠心脏线粒体蛋白质组与磷酸化蛋白质组

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD000354

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

雌性Sprague-Dawley大鼠被随机分为两组：i）训练组（Ex组）和ii）久坐组（Cont组）。Ex组动物连续两周适应跑台运动，期间逐渐增加跑步时间直至每天60分钟，速度20米/分钟，坡度0%，每周5天。该运动方案保持不变，直至54周结束。采用常规差速离心法从10只动物（Ex组5只，Cont组5只）中分离线粒体。线粒体蛋白提取物经二硫苏糖醇还原、碘乙酰胺烷基化，并采用FASP法（18）用胰蛋白酶消化。简言之，每份样品溶于4% SDS、0.1 M DTT、0.1 M HEPES中，60°C孵育30分钟。随后，样品与0.2 mL 8 M尿素、0.1 M HEPES、pH 8.5溶液（UH溶液）混合，加载至过滤装置（3k Microcon，Millipore），14,000 g离心20分钟，并用UH溶液洗涤两次。离心后，浓缩物在UH溶液中用50 mM碘乙酰胺烷基化（避光，25°C，20分钟），并用UH溶液洗涤两次。

浓缩液用0.1 mL 50 mM碳酸氢铵（ABC）稀释，并加入2 μg溶于30 μL 50 mM ABC的胰蛋白酶，于37°C消化过夜。通过离心收集所得胰蛋白酶肽，滤膜用50 μL 50 mM ABC洗涤两次。洗脱的肽段用10 μL甲酸酸化，并在自制的Empore C18柱（3M，美国明尼苏达州圣保罗）（参考文献）上纯化，以备后续磷酸化富集和/或LC-MS/MS分析。将干燥的蛋白质消化物溶于10 μL（3%乙腈，0.1%三氟乙酸）中，用上样缓冲液（1 M乙醇酸，5%三氟乙酸，80%乙腈）按1:5稀释，磷酸肽按先前所述（19）在TiO2珠上富集。简言之，将5 mg“Titansphere TiO2 5 μm”悬浮于100 μL 100%乙腈中，固定于移液管柱中并洗涤

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。