银屑病皮肤蛋白质组学

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD001387

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本文中，我们展示了无偏蛋白质组学筛选方法在研究 KC-Tie2 银屑病小鼠模型蛋白质表达变化中的功效，鉴定了小鼠中的多种蛋白质表达变化，并在人类银屑病中验证了这些变化。使用基于凝胶的分级分离，随后进行无标记蛋白质表达分析，将 KC-Tie2 小鼠皮肤样本（n=3）与同窝对照（n=3）进行比较。鉴定并定量了映射到 1281 种蛋白质的 5482 个肽段：105 种蛋白质表现出倍数变化 ≥2.0，包括：stefin A1（平均倍数变化为 342.4，平均 P = 0.0082；人直系同源物 cystatin A）；slc25a5（平均倍数变化为 46.2，平均 P = 0.0318）；serpinb3b（平均倍数变化为 35.6，平均 P = 0.0345；人直系同源物 serpinB1）；以及激肽释放酶相关肽酶 6（平均倍数变化为 4.7，平均 P = 0.2474；KLK6）。我们使用 qRT-PCR 在第二组动物（n=8）中独立确认了所选基因基于小鼠基因表达的增加，包括 serpinb3b（17.4 倍，P < 0.0001）、KLK6（9.0 倍，P = 0.002）、stefin A1（7.3 倍；P < 0.001）和 slc25A5（1.5 倍；P = 0.05）。对这些相同样本进行的平行 LC/MS/MS 分析验证了 KC-Tie2 小鼠与对照小鼠之间蛋白质水平的增加：slc25a5 增加 1.3 倍（P < 0.05），stefinA1 增加 29,000 倍（P < 0.01），KLK6 增加 322 倍（P < 0.0001）。为了强调我们联合方法的实用性和可转化性，我们分析了银屑病患者皮肤和原代角质形成细胞与健康对照的基因和蛋白质表达水平。在健康对照与受累银屑病皮损皮肤及原代银屑病角质形成细胞之间，观察到 slc25a5（1.8 倍）、cystatin A（3.0 倍）、KLK6（5.8 倍）和 serpinB1（76 倍；所有 P < 0.05）的基因表达增加。此外，与正常皮肤相比，银屑病皮损皮肤中 slc25a5、cystatin A、KLK6 …

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。