GENIE UK-ROI 糖尿病肾病 GWAS 数据集

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/dbgap/phs000389

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

糖尿病肾病（diabetic nephropathy，DN）是美国及全球终末期肾病的主要病因之一。DN是长期1型和2型糖尿病的常见并发症。其临床病程以蛋白尿的出现和肾功能逐渐丧失为特征。尽管现有降低蛋白尿的治疗已被证明可适度延缓糖尿病肾病的进展，但许多未死于心血管疾病的患者仍会发展为终末期肾衰竭，需要昂贵的肾脏替代治疗，如透析和肾移植。1型糖尿病（type 1 diabetes，T1D）可在儿童期发病，患者常在成年早期发展为终末期肾病，导致生活质量进一步下降。该病的遗传基础尚不清楚。

GENIE（GE netics of N ephropathy an I nternational E ffort，肾病遗传学国际协作组织）联盟的成立旨在开展迄今最全面、统计效能最高的DN易感性全基因组关联研究（GWAS）分析，该研究利用了四个研究队列中规模最大的1型糖尿病合并及不合并肾脏疾病的患者样本集合。UK-ROI样本作为本项目的一部分进行了基因分型。UK-ROI样本描述 UK-ROI样本集合由来自爱尔兰共和国（首席研究员Catherine Godson博士，爱尔兰都柏林大学学院）和英国（Warren 3及英国糖尿病肾脏遗传学项目UK GoKinD，首席研究员Alexander P. Maxwell博士，英国贝尔法斯特女王大学）的样本组成。所有研究对象均符合纳入标准：白人T1D个体，确诊年龄在31岁之前，其父母和祖父母均出生于不列颠群岛。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。