动脉粥样硬化中的T细胞耐受单细胞数据集

数据集获取

源站：https://doi.org/10.6084/m9.figshare.21900735.v1

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 39.7 MB。

数据说明

动脉粥样硬化斑块形成于动脉内层，可引发心脏病发作和卒中。尽管在动脉粥样硬化中已检测到T细胞，但耐受功能障碍作为疾病驱动因素仍未被探索。在此，我们通过单细胞RNA测序结合单T细胞受体测序，检查了患有晚期动脉粥样硬化的小鼠的动脉粥样硬化斑块、动脉三级淋巴器官和淋巴结中的耐受检查点。在本研究中，C57BL/6背景的ApoE-/-小鼠和C57BL/6 WT小鼠饲养于慕尼黑大学的特定病原体-free动物设施中，12小时明/暗循环，空调环境（23°C，60%相对湿度）。所有小鼠均为78-85周龄，并一直维持标准啮齿动物饲料。动物实验程序经上巴伐利亚州政府根据当地动物使用与护理委员会指南及国家动物福利法批准。小鼠通过盐酸氯胺酮和盐酸赛拉嗪安乐死。通过心脏穿刺采集血液。分别用10 ml 5 mM EDTA缓冲液、20 ml PBS和20 ml FACS缓冲液从左心室进行灌注。

在解剖显微镜下收集RLNs。为收集斑块和ATLOs，仔细移除脂肪组织和主动脉旁淋巴结。将整个主动脉解剖并收集于装有预冷FACS缓冲液的细胞培养皿中。沿纵向剖开主动脉，在解剖显微镜下使用弯头镊（Dumont #5/45，Fine Science Tools）仔细移除斑块组织。剩余主动脉作为ATLOs收集。RLNs、ATLOs和斑块。使用三个独立的小鼠队列：（i）在第一个队列中，使用3只ApoE-/-和3只WT小鼠的混合样本收集斑块、ATLOs和RLNs，并使用5只ApoE-/-和5只WT小鼠的混合样本收集血液；（ii）使用细胞哈希标签（hashtags，Biolegend，TotalSeq™ C）分别标记4只ApoE-/-和4只WT小鼠以收集

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。