公开可用的膀胱癌单细胞测序数据集
该数据集是一个从SRA数据库获取并经过scanpy工具处理的膀胱癌单细胞RNA测序数据集，包含原始测序数据及标准化的分析流程，主要用于研究膀胱癌的肿瘤微环境、细胞异质性、生物标志物发现以及癌症免疫学等方向，为相关领域的研究者提供了一个可重复使用的单细胞转录组分析资源。
基本信息
资源简介
公开可用的膀胱癌单细胞测序数据集
【数据集背景】
本数据集源站标题为《AndrewGarven/SingleCellSeq》。源站首次发布：2023-07-27。
【数据内容】
源站原始描述：Whole Workflow of Single Cell Sequencing Analysis of Publically Available Bladder Cancer Dataset # Single Cell Sequencing Data Analysis with Scanpy ## Table of Contents 1. Description and Acknowledgements 2. Libraries 3. Finding Public Data 4. Data Download 5. Quality Control: FastQC 6. Read Processing and Alignment: CellRanger 7. Technical Artifact Removal: CellBender 8. Scanpy Single-Cell Sequencing 9. Scanpy Loading Single-Cell RNA-seq Count Data 10. Scanpy Pre-Processing Single-Cell RNA-seq…
【获取与许可】
源站页面：https://github.com/AndrewGarven/SingleCellSeq
【使用注意】
· 源站最后修改于 2024-05-06，引用时请注意版本时效。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
git clone https://github.com/AndrewGarven/SingleCellSeq.git
curl -L -o repo.zip https://github.com/AndrewGarven/SingleCellSeq/archive/refs/heads/main.zip
unzip repo.zip
源站 README 摘录（使用方式）
Data Download
As seen here using this runinfo file, we can download SRA data in parallel (GNU) using the SRA toolkit.
to download the SRA toolkit please follow the appropriate instructions here
Once downloaded you will need to configure your SRA toolkit using the following command
vdb-config -i
this will open an interactive screen you can navigate with your arrow keys and enter.
navigate to Cache tab and input a path to an empty directory that will accept all the fastq files from your selected BioProject. In my case, this path is: lustre06/project/6065374/garvena/singlecellseq/Data/InputData/Lai
Once SRA-toolkit is configured you can ‘‘bulk download’’ all fastq files from the bioproject of interest using the following command: (please change <number of samples> and <path to runinfo.txt> to match your data download)
#!/bin/bash
module load sra-toolkit/3.0.0
parallel verbose -j 8 curl {} ::: $(tail -n +2 /home/garvena/projects/def-dmberman/garvena/singlecellseq/Data/InputData/test/runinfo.csv | cut -d '','' -f10) >> sra_dump.log
wait
exit
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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