DNA修复与代谢相关基因的原始表达数据

该数据集为DNA修复与代谢相关的519个基因的原始表达数据(read counts),采用Ion Torrent S5XL平台的下一代测序方法获得

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2022-04-05 更新
浏览 11
基因组分类gene expressionvascular diseaseDNA repairDNA metabolismMedical Genetics (excl. Cancer Genetics)Pathogenesis
Raw expression data for genes related to DNA repair and metabolism

基本信息

模态
基因组
大小
0.000094765 GB
任务类型
分类
许可
CC BY 4.0
创建/更新时间
2022-04-05
版本
v1

资源简介

DNA修复与代谢相关基因的原始表达数据

Raw expression data for genes related to DNA repair and metabolism

该数据集为DNA修复与代谢相关的519个基因的原始表达数据(read counts),采用Ion Torrent S5XL平台的下一代测序方法获得。样本来自外周血单核细胞,涵盖8例下肢动脉疾病患者、7例腹主动脉瘤患者、7例慢性静脉疾病患者及7例健康志愿者。数据可用于比较不同血管疾病与健康对照之间DNA修复和代谢相关基因的表达差异,支持转录组层面的发病机制研究(来源 figshare,CC BY 4.0 许可)。

【数据集背景】

源站首次发布:2022-04-05。

【数据结构与技术规格】

文件数 1 个,合计 94.77 KB。数据集 DOI:10.6084/m9.figshare.19518010.v1。

【主题与分类】

源站学科分类:Medical genetics (excl. cancer genetics)、Pathology (excl. oral pathology)、Gene expression (incl. microarray and other genome-wide approaches)。主题标签:gene expression、vascular disease、DNA repair、DNA metabolism、Medical Genetics (excl. Cancer Genetics)、Pathogenesis。本站分类:心血管系统疾病/腹主动脉瘤。

【适用方向】

源站学科分类标注为 Medical genetics (excl. cancer genetics)、Pathology (excl. oral pathology)、Gene expression (incl. microarray and other genome-wide approaches)。

【获取与许可】

源站页面:https://figshare.com/articles/dataset/Raw_expression_data_for_genes_related_to_DNA_repair_and_metabolism/19518010

使用许可:CC BY 4.0(https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)。

规范引用:Zalewski, Daniel (2022). Raw expression data for genes related to DNA repair and metabolism. figshare. Dataset

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源站:https://doi.org/10.6084/m9.figshare.19518010

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 94.8 KB。

数据说明

数据:519个与DNA修复和代谢相关基因的原始表达数据(读取计数)。方法:使用Ion Torrent S5XL平台进行下一代测序。样本:从8名下肢动脉疾病(LEAD)患者、7名腹主动脉瘤(AAA)患者、7名慢性静脉疾病(CVD)患者和7名健康志愿者(对照组)的全血样本中分离出的外周血单核细胞。该数据集用于发表论文:Karol P. Ruszel、Daniel P. Zalewski、Andrzej Stępniewski、Dariusz Gałkowski、Jacek Bogucki、Marcin Feldo、Janusz Kocki和Anna Bogucka-Kocka撰写的《下一代测序在腹主动脉瘤、慢性静脉疾病和下肢动脉疾病中DNA损伤修复基因转录组景观评估中的应用》。如果您使用此数据集,请引用我们的论文。详细的文献数据将在我们的论文发表后提供。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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