腹主动脉瘤 Express Biobank 研究数据集(含临床数据)

数据内容涉及对切除的人腹主动脉瘤标本进行组织学信息量化,用于评估炎症细胞在瘤体不同区域的浸润程度,并可与临床指标关联。研究采用基于监督机器学习的分析框架,使用 TensorFlow 和 QuPath 确定瘤体整体结构(血栓、动脉壁、外膜疏松结缔组织),并在壁和外膜区域量化胶原、弹性蛋白及特定炎症细胞

google_dataset
2023-06-16 更新
浏览 5
蛋白质图像分割abdominal aortic aneurysmneural networkautomated histological image analysismachine learningcell detection and segmentationextracellular matrix
Abdominal Aortic Aneurysm-Express Biobank Study (database including clinical data)

基本信息

模态
蛋白质
大小
0.000063346 GB
任务类型
图像分割
许可
CC BY 4.0
创建/更新时间
2023-06-16
版本
v1

资源简介

腹主动脉瘤 Express Biobank 研究数据集(含临床数据)

DataSheet4_Artificial intelligence assisted compositional analyses of human abdominal aortic aneurysms ex vivo.PDF

该数据集来自腹主动脉瘤 Express Biobank 研究,包含临床数据,源站为 frontiersin.figshare.com,文件为一份 PDF 数据表,配套论文发表于 Journal of Vascular Surgery。数据内容涉及对切除的人腹主动脉瘤标本进行组织学信息量化,用于评估炎症细胞在瘤体不同区域的浸润程度,并可与临床指标关联。研究采用基于监督机器学习的分析框架,使用 TensorFlow 和 QuPath 确定瘤体整体结构(血栓、动脉壁、外膜疏松结缔组织),并在壁和外膜区域量化胶原、弹性蛋白及特定炎症细胞含量,训练了深度神经网络(来源 figshare,CC BY 4.0 许可)。

【数据集背景】

配套论文《Inflammatory cells, ceramides, and expression of proteases in perivascular adipose tissue adjacent to human abdominal aortic aneurysms》发表于 Journal of Vascular Surgery(2017),DOI:10.1016/j.jvs.2015.12.056。源站首次发布:2022-08-22。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):对切除的人腹主动脉瘤(AAA)标本进行组织学信息量化,可能提供关于炎症细胞在 AAA 不同区域浸润程度的重要信息。此类信息将支持对 AAA 病理机制的深入理解,并可与临床指标关联,以进一步开发 AAA 治疗方案。我们假设人工智能可以支持对切除的人 AAA 组织学切片的高通量分析。我们提出一个基于监督机器学习的分析框架。我们使用 TensorFlow 和 QuPath 确定 AAA 的整体结构:血栓、动脉壁和外膜疏松结缔组织。在壁和外膜区域内,量化了胶原、弹性蛋白和特定炎症细胞的含量。一个深度神经网络(DNN)在人工标注的数据上进行了训练。

【数据结构与技术规格】

文件数 1 个,合计 63.35 KB。数据集 DOI:10.3389/fphys.2022.840965.s004。

【主题与分类】

源站学科分类:Animal Physiology - Biophysics、Animal Physiology - Cell、Animal Physiology - Systems、Comparative Physiology、Physiology not elsewhere classified、Reproduction。主题标签:abdominal aortic aneurysm、neural network、automated histological image analysis、machine learning、cell detection and segmentation、extracellular matrix。本站分类:心血管系统疾病/腹主动脉瘤。

【适用方向】

源站学科分类标注为 Animal Physiology - Biophysics、Animal Physiology - Cell、Animal Physiology - Systems、Comparative Physiology、Physiology not elsewhere classified、Reproduction。

【获取与许可】

源站页面:https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/DataSheet4_Artificial_intelligence_assisted_compositional_analyses_of_human_abdominal_aortic_aneurysms_ex_vivo_PDF/20524293

使用许可:CC BY 4.0(https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)。

规范引用:Thorsted, Bjarne; Bjerregaard, Lisette; Jensen, Pia S.; Rasmussen, Lars M.; Lindholt, Jes S.; Bloksgaard, Maria (2022). DataSheet4_Artificial intelligence assisted compositional analyses of human abdominal aortic aneurysms ex vivo.PDF. Frontiers. Dataset

【使用注意】

· 源站最后修改于 2023-06-16,引用时请注意版本时效。

官方服务

专家保障全链路合规授权与标注交付

陕川双基地 × 超十家三甲医院直连

从合规授权、采集治理、专业标注到数据集交付,我们提供全链路闭环服务,让高质量临床数据即拿即用。

⚡️ 需要原始数据或标注支持?联系我们获取定制方案。

帮我联系

下载信息

注册下载

需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。

免登录

有偿下载

公开数据集受托下载与技术交付服务。

提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)

暂未开放

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取(Figshare)

命令行下载

curl -L -o "DataSheet4_Artificial intelligence assisted compositional analyses of human abdominal aortic aneurysms ex vivo.PDF" "https://ndownloader.figshare.com/files/36738018"

文件清单

  • DataSheet4_Artificial intelligence assisted compositional analyses of human abdominal aortic aneurysms ex vivo.PDF(63.35 KB)

文件总体积 63.35 KB(源站 API 实测)。

数据说明

从切除的人腹主动脉瘤(AAA)标本中量化组织学信息,可能为AAA不同区域炎症细胞浸润程度提供关键信息。此类信息有助于深入理解AAA病理机制,并能与临床指标相关联,以进一步开发AAA治疗方案。我们假设人工智能能够支持对切除的人AAA组织切片进行高通量分析。我们提出了一种基于监督机器学习的分析框架。利用TensorFlow和QuPath确定AAA的整体结构:血栓、动脉壁和外膜疏松结缔组织。在壁和外膜区域内,对胶原蛋白、弹性蛋白及特定炎症细胞含量进行了量化。基于手动标注的Weigert染色组织切片(14名患者)训练了深度神经网络(DNN),并在另外两名患者的图像上进行了验证。最后,我们将该方法应用于95例新患者样本。

DNN能够根据整体壁结构对切片进行分割,在训练65个epoch后,训练集和验证数据集的Jaccard系数分别达到92%和88%。精确率和召回率均达到92%。各区域面积在患者之间差异很大,总细胞计数和弹性蛋白/胶原纤维含量的输出结果也同样差异显著。特定细胞数量或每区域染色面积是确定性确定的。然而,将基于Weigert染色的掩膜与免疫染色连续切片的图像相结合,需要在分析路径中加入标志点识别。数字病理学、我们开发的DNN以及标志点配准的结合,将为未来切除的人体AAA组织学分析提供强大工具。结合生物力学测试和以微结构为动机的AAA重塑数学模型,该方法有潜力成为提供疾病机制性见解的强大工具。结合每位患者的人口统计学和临床特征,该方法可以成为一个有趣的工具,以支持更好的

许可

CC BY 4.0

引用

学术使用请引用 DOI 10.3389/fphys.2022.840965.s004(source: https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/DataSheet4_Artificial_intelligence_assisted_compositional_analyses_of_human_abdominal_aortic_aneurysms_ex_vivo_PDF/20524293)。

数据缺失?

依托陕西、四川两大基地,我们与超过十家三甲医院建立直接合作关系,覆盖合规授权、采集治理、专业标注、数据交付的全流程,为AI医疗团队提供即拿即用的高质量临床数据。

⚡️ 需要数据支持或标注服务?立即联系我们获取专业方案。

获取专属数据定制方案