热应激及人脐带间充质干细胞外泌体处理原代大鼠Sertoli细胞的转录组分析

该数据集为原代大鼠Sertoli细胞在热应激及人脐带间充质干细胞来源外泌体处理下的转录组测序数据。实验分为37摄氏度常温对照组、42摄氏度热应激组及热应激加外泌体处理组,处理48小时后收集细胞,每组设三个生物学重复

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基因组回归Raw sequence reads
PRJNA1489304: Transcriptomic profiling of primary rat Sertoli cells under heat stress and human umbilical cord mesenchymal stem cell-derived exosome treatment

基本信息

模态
基因组
任务类型
回归
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

热应激及人脐带间充质干细胞外泌体处理原代大鼠Sertoli细胞的转录组分析

该数据集为原代大鼠Sertoli细胞在热应激及人脐带间充质干细胞来源外泌体处理下的转录组测序数据。实验分为37摄氏度常温对照组、42摄氏度热应激组及热应激加外泌体处理组,处理48小时后收集细胞,每组设三个生物学重复。数据来源于NCBI,主题标签为原始序列读段(Raw sequence reads),本站分类归入损伤、中毒及外因/其他。整体而言,该数据集旨在通过RNA测序比较三组细胞的全基因组表达谱,识别热应激响应基因及外泌体调控基因,为研究Sertoli细胞连接损伤和血睾屏障功能障碍相关分子变化提供转录组层面的基础数据。

【数据集背景】

该数据集针对原代大鼠Sertoli细胞在热应激条件下以及人脐带间充质干细胞来源外泌体干预后的分子变化展开研究。Sertoli细胞是睾丸内支持生殖细胞发育的重要体细胞,其连接结构和血睾屏障功能对精子发生微环境具有关键作用。热应激是影响睾丸功能的重要外界因素之一,可导致Sertoli细胞连接损伤和血睾屏障功能障碍。人脐带间充质干细胞来源外泌体被认为可能参与调控损伤修复过程。该转录组测序数据集正是为探究热应激诱导的基因表达改变以及外泌体处理对上述改变的调节作用而生成。

【数据内容】

该数据集包含原代大鼠Sertoli细胞在三种处理条件下的RNA测序数据。三组分别为:37摄氏度常温对照组、42摄氏度热应激组、以及42摄氏度热应激并接受人脐带间充质干细胞来源外泌体处理的组别。每组设置三个生物学重复,处理48小时后收集细胞。测序用于比较三组之间的全局基因表达谱,以识别热应激响应基因和外泌体调控基因。主题标签为原始序列读段(Raw sequence reads),表明数据以测序读段形式提供。

【采集与来源】

细胞来源为原代大鼠Sertoli细胞,分离自大鼠睾丸。实验处理包括常温培养、热应激培养以及热应激联合外泌体处理。处理持续48小时后收集细胞,每组三个生物学重复。数据来源站为ncbi.nlm.nih.gov,数据集英文名称为PRJNA1489304: Transcriptomic profiling of primary rat Sertoli cells under heat stress and human umbilical cord mesenchymal stem cell-derived exosome treatment。本站分类为损伤、中毒及外因/其他。

【适用场景】

该数据集适用于研究热应激对Sertoli细胞转录组的影响,以及人脐带间充质干细胞来源外泌体在热应激条件下对Sertoli细胞基因表达的调控作用。可用于识别与Sertoli细胞连接损伤和血睾屏障功能障碍相关的热应激响应基因及外泌体调控基因。也可作为比较不同处理条件下全局基因表达谱差异的基础数据,服务于生殖毒理、男性生殖健康、热应激损伤及干细胞外泌体干预等研究方向。

【使用方法】

该数据集以原始序列读段形式提供,可用于RNA测序数据的常规分析流程,包括读段质控、比对、表达定量和差异表达分析。通过比较37摄氏度常温对照组、42摄氏度热应激组和热应激加外泌体处理组之间的基因表达谱,可筛选热应激响应基因和外泌体调控基因。每组三个生物学重复可用于评估组内变异并进行统计学比较。具体分析工具和参数需根据研究目的选择,源站未提供统一的分析流程说明。

【质量与限制】

每组设有三个生物学重复,处理时间为48小时,细胞为原代大鼠Sertoli细胞。源站未提供关于测序深度、读长、比对率、数据量或其他质量指标的详细信息。该数据集基于大鼠原代细胞体外实验,源站未提供体内验证或临床样本相关信息。因此,在解释结果时需考虑体外模型和物种差异等潜在限制。源站未提供其他质量与限制说明。

【引用与许可】

源站未提供引用方式与许可信息。

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数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1489304

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该转录组测序数据集旨在研究热应激对原代大鼠支持细胞诱导的分子变化,并鉴定人脐带间充质干细胞来源外泌体调控的基因。从大鼠睾丸中分离原代支持细胞,分为三组:37摄氏度的常温对照组、42摄氏度的热应激组,以及接受人脐带间充质干细胞来源外泌体治疗的热应激组。处理48小时后收集细胞,每组设三个生物学重复。通过RNA测序比较三组之间的全局基因表达谱。该数据集用于鉴定与支持细胞连接损伤和血睾屏障功能障碍相关的热应激响应基因和外泌体调控基因。差异表达和通路富集分析显示,热应激改变了黏附和连接相关通路,而外泌体治疗部分逆转了这些转录组变化。

该数据集提供了分子证据,支持脐带间充质干细胞来源的外泌体在热应激诱导的支持细胞损伤中发挥保护作用。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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