癌症基因组图谱头颈鳞状细胞癌数据集合
该数据集是一个针对头颈鳞状细胞癌的多模态数据集合，包含临床表格、影像数据（如CT、MRI等）和基因组数据，通过整合来自全球多个医疗机构的样本，旨在支持研究人员探索癌症的基因型与影像表型之间的关联，主要应用于癌症基因组学、影像组学及预后分析等研究方向。
基本信息
资源简介
癌症基因组图谱头颈鳞状细胞癌数据集合
【一句话概览】
本数据集是 TCIA 公开数据集，收录 合计 129.63 GB、227 例受试者，主题涵盖 Head and Neck Squamous Cell Carcinoma，源站分类为 CT、PT、MR、RTDOSE，TCIA Site License 许可开放获取。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《The Cancer Genome Atlas Head-Neck Squamous Cell Carcinoma Collection》。源站首次发布：2023/05/24。
【数据内容】
源站原始描述：Total Cases by Site Site Patients MDA (TSS code “-CV-“) 78 UNC (TSS code “-BA-“) 22 UPMC (TSS code “-CN-“) 5 Vanderbilt (TSS code “-CR-“) 51 JHU (TSS code “-BB-“) 15 Miami (TSS code “-IQ-“) 5 Barretos (TSS code “-UF-“) 16 UHN (TSS code “-CQ-“) 35 Total 227 Total Cases by Modality and Site Site CT MR PT Grand Total JHU 14 3 5 22 MDA 78 6 6 90 UNC 20 2 2 24 UPMC 5 5 10 Vanderbilt 50 5 15 70 Miami 5 5 Barretos 16 16 UHN 23 12 35 Grand Total 211 28 33 272 GDC Data Portal – Clinical and Genomic Data…
【数据结构与技术规格】
数据集 DOI：10.7937/K9/TCIA.2016.LXKQ47MS。
【主题与分类】
源站学科分类：CT、PT、MR、RTDOSE、RTSTRUCT、RTPLAN。主题标签：Head and Neck Squamous Cell Carcinoma。
【适用方向】
源站学科分类标注为 CT、PT、MR、RTDOSE、RTSTRUCT、RTPLAN。
【获取与许可】
源站页面：https://www.cancerimagingarchive.net/collection/tcga-hnsc/
使用许可：TCIA Site License（https://creativecommons.org/licenses/by/3.0/）。
规范引用：Zuley, M. L., Jarosz, R., Kirk, S., Lee, Y., Colen, R., Garcia, K., Delbeke, D., Pham, M., Nagy, P., Sevinc, G., Goldsmith, M., Khan, S., Net, J. M., Lucchesi, F. R., & Aredes, N. D. (2016). The Cancer Genome Atlas Head-Neck Squamous Cell Carcinoma Collection (TCGA-HNSC) (Version 6) [Data set] . The…
下载信息
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公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取（TCIA 标准方式）
方式一：NBIA 搜索
- 打开 NBIA 搜索页（免费注册 TCIA 账号）；
- 按本数据集 Collection 名称筛选（见源站页面），加入 Download Basket；
- 用 NBIA Download Manager 批量下载 DICOM。
方式二：NBIA API（程序化）
curl -s "https://services.cancerimagingarchive.net/nbia-api/services/v1/getSeries?Collection=COLLECTION_NAME" -o series.json
方式三：TCIA Manifest + dicomsort
在 Collection 页面下载 .tcia manifest 文件后用 NBIA CLI 下载。
数据说明
该数据集是癌症基因组图谱（TCGA）头颈鳞状细胞癌（TCGA-HNSC）数据集合，旨在通过提供临床影像与基因组数据匹配的样本，构建一个连接癌症表型与基因型的研究社区。数据集包含来自全球多个医疗机构的临床、遗传、病理和影像学数据，影像数据存储于癌症影像档案库（TCIA），而临床与基因组数据则存放于基因组数据共享平台（GDC）。这些数据主要用于探索头颈鳞状细胞癌的组织基因型、影像表型与患者预后之间的关联，支持癌症基因组学、影像组学及临床转化研究。
数据加载示例（DICOM 影像）
import pydicom, glob, os
files = glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.dcm"), recursive=True)
d = pydicom.dcmread(files[0])
print("Modality:", d.Modality)
img = d.pixel_array
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