HLTF基因在人类结肠癌中的沉默
该数据集包含人类结肠癌细胞系和原发性组织样本的基因表达与甲基化数据，主要模态涉及基因表达谱、甲基化检测及细胞功能实验数据，用于研究HLTF基因在结肠癌中的表观遗传沉默机制及其作为候选抑癌基因的功能，为探索结肠癌的发病机制和潜在治疗靶点提供重要依据。
基本信息
资源简介
该数据集聚焦于结肠癌中染色质重塑酶的作用研究，特别是SWI/SNF家族蛋白成员——螺旋酶样转录因子（HLTF）的基因沉默机制。数据包含34个结肠癌细胞系和63例原发性结肠癌组织样本，通过检测HLTF启动子甲基化状态、基因表达水平以及使用去甲基化剂5-氮杂胞苷处理恢复表达等实验，揭示了HLTF在结肠癌中频繁发生甲基化介导的表观遗传沉默（43%的病例），而在乳腺癌或肺癌中未检测到类似现象。此外，通过转染实验验证了HLTF对HLTF缺陷细胞系生长的抑制作用，表明其可能作为结肠癌的候选抑癌基因。该数据集主要应用于结肠癌发病机制、表观遗传调控及潜在治疗靶点的研究。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC123687/
标准获取流程：
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- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
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- OpenDataLab:
数据说明
该数据集聚焦于结肠癌中染色质重塑酶的作用研究，特别是SWI/SNF家族蛋白成员——螺旋酶样转录因子（HLTF）的基因沉默机制。数据包含34个结肠癌细胞系和63例原发性结肠癌组织样本，通过检测HLTF启动子甲基化状态、基因表达水平以及使用去甲基化剂5-氮杂胞苷处理恢复表达等实验，揭示了HLTF在结肠癌中频繁发生甲基化介导的表观遗传沉默（43%的病例），而在乳腺癌或肺癌中未检测到类似现象。此外，通过转染实验验证了HLTF对HLTF缺陷细胞系生长的抑制作用，表明其可能作为结肠癌的候选抑癌基因。该数据集主要应用于结肠癌发病机制、表观遗传调控及潜在治疗靶点的研究。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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