前列腺MRI-超声融合活检数据

包含前列腺MRI、超声融合活检和病灶信息,适合靶向活检建模、癌灶定位和多模态影像研究。 该数据集与前列腺癌高度相关,覆盖多模态数据内容,可用于目标检测、特征筛选、算法评估和临床研究。

National Cancer InstituteNational Cancer Institute
TCIA
2020-01-01 更新
浏览 43
多模态目标检测Prostate Cancer
Prostate MRI-US Biopsy

基本信息

模态
多模态
任务类型
目标检测
许可
CC BY 4.0
创建/更新时间
2020-01-01
版本
Complete

资源简介

前列腺MRI-超声融合活检数据

【一句话概览】

本数据集是 TCIA 公开的多模态数据集,收录 合计 80.21 GB、1151 例受试者,主题涵盖 Prostate Cancer,可用于跨模态对齐与融合建模研究,CC BY 4.0 许可开放获取。

【数据集背景】

本数据集源站标题为《Prostate MRI and Ultrasound With Pathology and Coordinates of Tracked Biopsy》。源站首次发布:2023/10/20。

【数据内容】

源站原始描述:This dataset was derived from tracked biopsy sessions using the Artemis biopsy system, many of which included image fusion with MRI targets. Patients received a 3D transrectal ultrasound scan, after which nonrigid registration (e.g. “fusion”) was performed between real-time ultrasound and preoperative MRI, enabling biopsy cores to be sampled from MR regions of interest. Most cases also included sampling of systematic biopsy cores using a 12-core digital template. The Artemis system tracked targe…

中文译文(机器翻译,仅供快速理解,请以原文为准):本数据集源自使用 Artemis 活检系统进行的追踪活检操作,其中许多操作包括与 MRI 靶区进行图像融合。患者接受 3D 经直肠超声扫描,随后在实时超声与术前 MRI 之间进行非刚性配准(即“融合”),从而能够从 MR 感兴趣区取样活检针芯。大多数病例还包括使用 12 针数字化模板取样系统性活检针芯。Artemis 系统利用机械臂的编码器运动学追踪靶向和系统性针芯位置,并记录相对于超声扫描的位置。大多数病例还记录了 MRI 活检坐标。STL 文件和活检叠加图可用,并可在 3D Slicer 中使用 SlicerHeart 扩展进行三维可视化。汇总活检和 MR 靶区数据的电子表格也可用。更多信息见下方“详细描述”选项卡。

【数据结构与技术规格】

数据集 DOI:10.7937/TCIA.2020.A61IOC1A。

【主题与分类】

源站学科分类:MR、US、Classification、Measurement、Other。主题标签:Prostate Cancer。

【适用方向】

多模态数据适合跨模态对齐、融合建模与联合表征学习方向的研究。

【获取与许可】

源站页面:https://www.cancerimagingarchive.net/collection/prostate-mri-us-biopsy/

使用许可:CC BY 4.0(https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)。

规范引用:Natarajan, S., Priester, A., Margolis, D., Huang, J., & Marks, L. (2020). Prostate MRI and Ultrasound With Pathology and Coordinates of Tracked Biopsy (Prostate-MRI-US-Biopsy) (version 2) [Data set]. The Cancer Imaging Archive. DOI: 10.7937/TCIA.2020.A61IOC1A

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使用方式

数据集获取(TCIA 标准方式)

方式一:NBIA 搜索

  1. 打开 NBIA 搜索页(免费注册 TCIA 账号);
  2. 按本数据集 Collection 名称筛选(见源站页面),加入 Download Basket;
  3. 用 NBIA Download Manager 批量下载 DICOM。

方式二:NBIA API(程序化)

curl -s "https://services.cancerimagingarchive.net/nbia-api/services/v1/getSeries?Collection=COLLECTION_NAME" -o series.json

方式三:TCIA Manifest + dicomsort

在 Collection 页面下载 .tcia manifest 文件后用 NBIA CLI 下载。

数据说明

包含前列腺MRI、超声融合活检和病灶信息,适合靶向活检建模、癌灶定位和多模态影像研究。

数据加载示例(DICOM 影像)

import pydicom, glob, os
files = glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.dcm"), recursive=True)
d = pydicom.dcmread(files[0])
print("Modality:", d.Modality)
img = d.pixel_array

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