PROSTATEx前列腺MRI挑战数据

PROSTATEx包含前列腺多参数MRI和可疑病灶标签,是前列腺癌影像分类、检测、良恶性判别和CAD研究经典数据集。 该数据集与前列腺癌高度相关,覆盖图像数据内容,可用于分类、特征筛选、算法评估和临床研究。

SPIE / AAPM / NCISPIE / AAPM / NCI
TCIA
2020-01-01 更新
浏览 65
图像分类Prostate CancerNon-Cancer
PROSTATEx Challenge Dataset

基本信息

模态
图像
数据量
346
任务类型
分类
许可
CC BY 3.0
创建/更新时间
2020-01-01
版本
Complete

资源简介

PROSTATEx前列腺MRI挑战数据

【一句话概览】

本数据集是 TCIA 公开的影像数据集,收录 合计 16.67 GB、346 例受试者,主题涵盖 Prostate Cancer、Non-Cancer,可用于医学图像分割、检测与分类模型的训练与评测,CC BY 3.0 许可开放获取。

【数据集背景】

本数据集源站标题为《SPIE-AAPM-NCI PROSTATEx Challenges》。源站首次发布:2022/07/05。

【数据内容】

源站原始描述:This collection is a retrospective set of prostate MR studies. All studies included T2-weighted (T2W), proton density-weighted (PD-W), dynamic contrast enhanced (DCE), and diffusion-weighted (DW) imaging. The images were acquired on two different types of Siemens 3T MR scanners, the MAGNETOM Trio and Skyra. T2-weighted images were acquired using a turbo spin echo sequence and had a resolution of around 0.5 mm in plane and a slice thickness of 3.6 mm. The DCE time series was acquired using a 3-D…

中文译文(机器翻译,仅供快速理解,请以原文为准):该数据集是一组回顾性前列腺MR检查。所有检查均包括T2加权(T2W)、质子密度加权(PD-W)、动态对比增强(DCE)和扩散加权(DW)成像。图像采集于两种不同类型的Siemens 3T MR扫描仪,即MAGNETOM Trio和Skyra。T2加权图像采用turbo spin echo序列采集,平面内分辨率约为0.5 mm,层厚为3.6 mm。DCE时间序列采用3-D turbo flash梯度回波序列采集,平面内分辨率约为1.5 mm,层厚为4 mm,时间分辨率为3.5 s。质子密度加权图像在DCE时间序列之前采集,使用相同序列,但采用不同的回波时间、重复时间和翻转角。最后,DWI序列采用单次激发回波平面成像序列采集,平面内分辨率为2 mm,层厚为3.6 mm,并在三个方向上施加扩散编码梯度。采集了三个b值(50、400和800),随后由扫描仪软件计算ADC图。所有图像均未使用直肠内线圈采集。

【数据结构与技术规格】

数据集 DOI:10.7937/K9TCIA.2017.MURS5CL。

【主题与分类】

源站学科分类:MR、Other、Classification。主题标签:Prostate Cancer、Non-Cancer。

【适用方向】

影像类数据可用于医学图像分析模型(检测、分割、分类)的训练与评测,也可用于标注质量与成像参数相关性的研究。

【获取与许可】

源站页面:https://www.cancerimagingarchive.net/collection/prostatex/

使用许可:CC BY 3.0(https://creativecommons.org/licenses/by/3.0/)。

规范引用:Litjens, G., Debats, O., Barentsz, J., Karssemeijer, N., & Huisman, H. (2017). SPIE-AAPM PROSTATEx Challenge Data (Version 2) [dataset]. The Cancer Imaging Archive

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使用方式

数据集获取(TCIA 标准方式)

方式一:NBIA 搜索

  1. 打开 NBIA 搜索页(免费注册 TCIA 账号);
  2. 按本数据集 Collection 名称筛选(见源站页面),加入 Download Basket;
  3. 用 NBIA Download Manager 批量下载 DICOM。

方式二:NBIA API(程序化)

curl -s "https://services.cancerimagingarchive.net/nbia-api/services/v1/getSeries?Collection=COLLECTION_NAME" -o series.json

方式三:TCIA Manifest + dicomsort

在 Collection 页面下载 .tcia manifest 文件后用 NBIA CLI 下载。

数据说明

PROSTATEx包含前列腺多参数MRI和可疑病灶标签,是前列腺癌影像分类、检测、良恶性判别和CAD研究经典数据集。

数据加载示例(DICOM 影像)

import pydicom, glob, os
files = glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.dcm"), recursive=True)
d = pydicom.dcmread(files[0])
print("Modality:", d.Modality)
img = d.pixel_array

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