非洲盾臂龟慢性肾病Six2+肾祖细胞耗竭及肾发生基因网络沉默相关处理数据
该数据集为非洲盾臂龟自发性慢性肾病分子特征研究的处理数据，基于伊朗21只圈养个体的队列，包含RNA-seq标准化基因表达值、1847个差异表达基因列表、26个基因的qRT-PCR原始Ct值、免疫组化细胞计数与评分、组织病理学评分、相关性矩阵及IPA通路分析等文件
基本信息
资源简介
非洲盾臂龟慢性肾病Six2+肾祖细胞耗竭及肾发生基因网络沉默相关处理数据
Processed Data for: Chronic Nephropathy in African Spurred Tortoises (Centrochelys sulcata) Is Associated with Depletion of Six2+ Renal Progenitor Cells, Transcriptional Silencing of Nephrogenic Gene Networks, Mitochondrial Dysfunction, and Loss of Neonephrogenic Capacity
该数据集为非洲盾臂龟自发性慢性肾病分子特征研究的处理数据，基于伊朗21只圈养个体的队列，包含RNA-seq标准化基因表达值、1847个差异表达基因列表、26个基因的qRT-PCR原始Ct值、免疫组化细胞计数与评分、组织病理学评分、相关性矩阵及IPA通路分析等文件。数据覆盖转录组、基因表达验证、病理与通路层面，可用于探索爬行动物慢性肾病中Six2+肾祖细胞耗竭、肾发生基因网络沉默及线粒体功能障碍等机制，并为脊椎动物肾脏再生研究提供参考（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。
【数据集背景】
源站首次发布：2026-10-16。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：该数据集包含支持题为“非洲盾臂龟（Centrochelys sulcata）慢性肾病与Six2+肾祖细胞耗竭、肾发生基因网络转录沉默、线粒体功能障碍及新生肾发生能力丧失相关：理解脊椎动物肾脏再生及其转化治疗意义的天然模型”手稿全部发现的所有处理数据。该研究基于来自伊朗的21只圈养非洲盾臂龟队列，首次对爬行动物自发性慢性肾病（CKD）进行了全面的分子表征。数据包括：1. RNA-seq标准化基因表达值（RNA-seq_normalized_counts.txt）2. 1,847个差异表达基因（DEG）的完整列表（DEG_list.txt）3. 26个基因的qRT-PCR原始Ct值（qPCR_raw_Ct_values.txt）4. 免疫组织化学
【数据结构与技术规格】
文件数 23 个，合计 41.12 KB。数据集 DOI：10.6084/m9.figshare.34625367.v1。
【主题与分类】
源站学科分类：Animal diet and nutrition、Animal cell and molecular biology。主题标签：Chronic kidney disease、Six2、Renal progenitor cells、Tortoise、Centrochelys sulcata、RNA-seq、Nephrogenic gene network、Mitochondrial dysfunction、Reptile nephropathy。本站分类：泌尿生殖系统疾病。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Animal diet and nutrition、Animal cell and molecular biology。
【获取与许可】
源站页面：https://figshare.com/articles/dataset/Processed_Data_for_Chronic_Nephropathy_in_African_Spurred_Tortoises_Centrochelys_sulcata_Is_Associated_with_Depletion_of_Six2_Renal_Progenitor_Cells_Transcriptional_Silencing_of_Nephrogenic_Gene_Networks_Mitochondrial_Dysfunction_and_Loss_o/34625367
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：Mohammadzadeh, Peyman; Karimi, Zhino; Mohammadi, Sajad; tahmasbipour, negar; shirmohammadi, mahbod (2026). Processed Data for: Chronic Nephropathy in African Spurred Tortoises (Centrochelys sulcata) Is Associated with Depletion of Six2+ Renal Progenitor Cells, Transcriptional Silencing of Nephrogeni…
下载信息
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源站：https://doi.org/10.6084/m9.figshare.34625367
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 41.1 KB。
数据说明
该数据集包含支持题为“非洲盾臂龟（Centrochelys sulcata）慢性肾病与Six2+肾脏祖细胞耗竭、肾源性基因网络转录沉默、线粒体功能障碍及新肾生成能力丧失相关：理解脊椎动物肾脏再生并具有转化治疗意义的天然模型”的手稿研究结果的所有处理后数据。该研究基于来自伊朗的21只圈养非洲盾臂龟队列，首次对爬行动物自发性慢性肾脏病（CKD）进行了全面的分子表征。数据包括：1. RNA-seq标准化基因表达值（RNA-seq_normalized_counts.txt）2. 1,847个差异表达基因（DEG）的完整列表（DEG_list.txt）3. 26个基因的qRT-PCR原始Ct值（qPCR_raw_Ct_values.txt）4. Six2、WT1、Pax2、PCNA、GDNF、BMP7的免疫组化细胞计数（IHC_cell_counts.txt）5. 线粒体功能数据（Delta-Psi-m、ATP、ROS、mtDNA拷贝数）（Mitochondrial_function.txt）6. 21只龟的血清生化原始数据（Serum_biochemistry_raw.txt）7.
计算机断层扫描（CT）定量测量（CT_raw_data.txt）8. 组织病理学半定量评分（Histopathology_scores.txt）9. 原代细胞培养功能验证数据（Cell_culture_data.txt）10. 透射电子显微镜线粒体形态计量（TEM_mitochondrial_morphometry.txt）11. WGCNA模块摘要（WGCNA_module_summary.txt）12. Ingenuity Pathway Analysis结果（IPA_canonical_pathways.txt、IPA_upstream_regulators.txt、IPA_diseases_functions.txt）13. 微生物培养结果（Microbiology_culture.txt）14. PCR诊断数据（PCR_diagnostics.txt）15. 相关性矩阵（Correlation_matrix.txt）16. PCR引物序列（Primers.txt）17. 血清生化和IHC的汇总统计（Serum_biochemistry_summary.txt、IHC_summary.txt）18. GEO元数据模板（seq_template.csv）所有数据均呈现
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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