基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

肝细胞特异性Uox敲除小鼠肾脏单细胞转录组图谱

该数据集为 NCBI BioProject 收录的原始测序数据，英文名称为 PRJNA1467569: Single-cell transcriptomic profiling of kidneys from hepatocyte-specific Uox knockout mice with graded hyperuricemia and renal cystogenesis。其研究核心围绕肝细胞特异性 Uox 敲除小鼠的肾脏展开，采用单细胞转录组分析手段，涉及不同程度的高尿酸血症以及肾囊肿发生过程。数据以原始测序读段为主要内容，属于泌尿生殖系统疾病领域的其他类目，来源站点为 ncbi.nlm.nih.gov。整体而言，该数据集为探索高尿酸血症与肾脏囊肿形成之间关系的研究提供了单细胞层面的转录组原始数据支撑。

【数据集背景】

该数据集对应的研究以肝细胞特异性 Uox 敲除小鼠为模型。Uox 基因的敲除与高尿酸血症的发生相关，而该模型表现出不同程度的高尿酸血症，并伴随肾囊肿发生过程。研究聚焦于这一病理背景下肾脏组织的单细胞转录组特征，旨在从单个细胞层面刻画肾脏在代谢异常与囊肿形成过程中的转录状态。数据集由 NCBI BioProject 收录，属于围绕单一研究计划或组织来源的生物数据集合，为用户提供获取该项目所产生多种数据类型链接的统一入口。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，即原始测序读段。数据内容为针对肝细胞特异性 Uox 敲除小鼠肾脏开展单细胞转录组分析所生成的原始测序数据。这些数据可用于后续的序列比对、细胞类型鉴定、基因表达定量以及差异表达分析等单细胞转录组标准分析流程。数据集本身以原始读段形式提供，未在源站描述中说明是否包含经过处理的表达矩阵或注释文件。

【采集与来源】

数据来源于 NCBI BioProject，源站为 ncbi.nlm.nih.gov，BioProject 编号为 1467569。BioProject 记录由单一组织或联盟发起，用于汇集某一研究计划所产生的各类生物数据，并为用户提供查找这些数据类型的统一入口。该数据集的生物样本来自肝细胞特异性 Uox 敲除小鼠的肾脏，研究背景涉及不同程度的高尿酸血症与肾囊肿发生。关于具体的测序平台、建库方法、样本数量、测序深度、小鼠品系背景及具体处理条件等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于单细胞转录组相关的下游分析场景，包括但不限于：肾脏组织细胞类型组成解析、高尿酸血症状态下肾脏细胞转录特征研究、肾囊肿发生过程中相关细胞亚群及基因表达变化探索，以及与其他肾脏疾病单细胞数据集的比较分析。由于数据以原始测序读段形式提供，适合具备单细胞数据分析能力的科研人员用于方法验证、流程搭建或二次分析。具体适用性需结合研究目的与数据实际质量进行判断。

【使用方法】

使用者可通过 NCBI BioProject 编号 1467569 在 ncbi.nlm.nih.gov 上检索并访问该项目的记录页面，进而获取该项目所链接的原始测序数据。通常需要根据项目页面提供的链接跳转至相应的序列数据存档，下载原始读段文件后，使用单细胞转录组标准分析流程进行处理，包括质控、比对、定量、聚类与细胞类型注释等步骤。关于具体的下载方式、文件格式及分析工具选择，源站未提供进一步说明。

【质量与限制】

该数据集为 NCBI BioProject 收录的原始测序数据，其质量取决于原始测序实验本身。源站描述中未提供关于数据质量评估、测序深度、读长、重复数或批次效应等方面的具体信息。此外，该数据集仅包含原始序列读段，未说明是否附带经过处理的数据或完整的分析结果。使用者在分析时需自行进行质量控制，并注意样本来源为肝细胞特异性 Uox 敲除小鼠模型，其结果向其他物种或人群的外推需谨慎。关于数据的具体限制条件，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 NCBI BioProject，源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 1467569。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款及数据共享政策等具体信息，源站未提供。使用者在引用或使用该数据集时，应直接查阅 NCBI BioProject 项目页面以获取最新的引用要求和许可说明。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1467569

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1467569

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为在单细胞分辨率下探究持续性高尿酸血症如何重塑肾脏，我们采用Alb-Cre/Uox flox/flox策略构建了肝细胞特异性Uox敲除小鼠。对对照组小鼠、无显性肾囊肿的高尿酸血症小鼠以及具有肾囊性/纤维化表型的高尿酸血症小鼠的肾脏组织进行了单细胞RNA测序。该数据集捕获了与高尿酸血症诱导的肾损伤相关的细胞类型特异性转录重塑，包括肾小管上皮细胞、髓袢细胞群、壁上皮细胞、成纤维细胞、内皮细胞、巨噬细胞及其他肾脏细胞类型的变化。这些数据为研究尿酸驱动的肾损伤、囊肿发生、纤毛功能障碍及多细胞重塑提供了单细胞资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别