GCRV感染CIK细胞环状RNA与microRNA转录组谱
该数据集来自NCBI，对草鱼肾（CIK）细胞在草鱼呼肠孤病毒（GCRV）感染与对照条件下的RNA样本进行高通量测序，用于分析环状RNA和microRNA的表达谱
基本信息
资源简介
GCRV感染CIK细胞环状RNA与microRNA转录组谱
PRJNA1424355 数据集聚焦于草鱼呼肠孤病毒（GCRV）感染条件下草鱼肾（CIK）细胞的转录组响应，通过对感染组与对照组RNA样本进行高通量测序，系统分析环状RNA和microRNA的表达谱。该数据集以CIK细胞作为体外感染模型，结合差异表达分析与整合分析，旨在揭示感染应答相关的非编码RNA及其潜在的调控互作关系，为研究草鱼抗病毒反应和宿主—病毒相互作用提供数据资源。数据集以原始测序读段（Raw sequence reads）形式组织，来源于NCBI站点，属于泌尿生殖系统疾病/其他分类下的转录组学研究资源。
【数据集背景】
草鱼（Ctenopharyngodon idella）是我国重要的淡水养殖鱼类，草鱼呼肠孤病毒（GCRV）感染是威胁草鱼养殖生产的重要病害之一。理解宿主细胞在病毒感染后的转录调控变化，尤其是非编码RNA层面的响应，对于揭示抗病毒机制和宿主—病毒互作具有基础意义。本项目以草鱼肾（CIK）细胞为体外模型，针对GCRV感染与未感染对照两种条件开展转录组水平的研究，重点刻画环状RNA与microRNA的表达变化，从而为草鱼抗病毒免疫研究提供分子层面的数据支撑。
【数据内容】
该数据集的核心内容是来自GCRV感染组与对照组CIK细胞RNA样本的高通量测序原始读段。围绕这些测序数据，项目开展了环状RNA和microRNA的全转录组谱分析，并进行了差异表达分析与整合分析，用以探索感染应答性非编码RNA及其潜在的调控相互作用。数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，表明其提供的是测序产生的原始序列读段，而非经过加工的表达矩阵或注释结果。数据覆盖的非编码RNA类型明确为环状RNA与microRNA两类。
【采集与来源】
数据来源于ncbi.nlm.nih.gov。生物学材料为草鱼肾（CIK）细胞，实验设计包含GCRV感染组与对照组，两组RNA样本均接受高通量测序。项目全称为“Transcriptome-wide profiling of circular RNAs and microRNAs in GCRV-infected CIK cells”，即GCRV感染CIK细胞中环状RNA与microRNA的全转录组谱分析。样本处理、测序平台、读段长度、样本数量等具体技术参数源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于草鱼抗病毒反应与宿主—病毒相互作用研究，尤其是针对GCRV感染下非编码RNA调控机制的分析。研究者可基于原始测序读段开展环状RNA鉴定、microRNA表达谱构建、差异表达分析以及环状RNA—microRNA调控互作的整合分析。此外，该数据也可作为草鱼CIK细胞体外感染模型的转录组参考资源，用于与其他病毒感染或不同非编码RNA研究进行对照性探索。数据集分类归入泌尿生殖系统疾病/其他，提示其可在相关疾病或病理生理研究框架下被检索和复用。
【使用方法】
使用该数据集时，可从NCBI获取原始测序读段，按照环状RNA与microRNA分析的标准流程分别进行处理：对microRNA读段进行比对与定量，对环状RNA进行剪接位点识别与表达定量，随后在感染组与对照组之间开展差异表达分析，并进一步整合两类非编码RNA的表达结果以探索潜在调控关系。由于数据以原始读段形式提供，使用者需自行完成质量控制、比对、定量与注释等步骤。具体的分析参数与流程源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于高通量测序产生原始读段，具备转录组水平分析的基础条件，但其实验仅采用CIK细胞体外模型，结果反映的是细胞层面的感染应答，不能直接等同于体内感染状态。数据仅涵盖环状RNA与microRNA两类非编码RNA，未涉及其他RNA类型的系统分析。此外，样本数量、测序深度、重复设置及质量控制指标等影响数据质量评估的关键信息源站未提供，使用者在复用时应自行评估数据适用性。
【引用与许可】
该数据集来自NCBI，项目编号为PRJNA1424355。具体的引用方式、作者信息、发表文献及数据使用许可条款源站未提供，使用者在引用或再利用前应查阅源站页面获取相应说明。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1424355
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本项目研究草鱼（Ctenopharyngodon idella）对草鱼呼肠孤病毒（GCRV）感染的转录组响应。以草鱼肾（CIK）细胞作为体外模型。对感染组和对照组的RNA样本进行高通量测序，以分析环状RNA和microRNA的表达谱。通过差异表达分析和整合分析，探究感染响应性非编码RNA及其潜在的调控相互作用。该数据集为研究草鱼的抗病毒反应和宿主-病毒相互作用提供了资源。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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