基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1423217：细胞死亡调控决定疙瘩皮肤病病毒的组织特异性嗜性

该数据集围绕疙瘩皮肤病病毒（LSDV）感染宿主细胞后的转录组变化展开，研究对象为 Madin-Darby 牛肾（MDBK）细胞。研究在感染后 1、8、16、24 小时四个时间点进行全基因组转录分析，并以 PBS 处理的细胞作为模拟对照，从而支持对 LSDV 复制早期与中期阶段宿主转录组应答的比较分析。数据集英文名称为 PRJNA1423217: Cell death modulation dictates tissue-specific tropism of lumpy skin disease virus，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，主题标签为 Raw sequence reads，本站分类归入泌尿生殖系统疾病 / 其他。整体而言，该数据集为理解病毒与宿主互作以及细胞防御机制提供了转录层面的数据基础。

【数据集背景】

疙瘩皮肤病病毒（LSDV）是一种能够感染牛只并引发疾病的病毒，其与宿主细胞之间的相互作用是理解致病机制的重要环节。该数据集聚焦于病毒感染的早期和中间阶段，通过感染后多个时间点的采样，观察宿主细胞在病毒复制过程中的转录组变化。研究选用 Madin-Darby 牛肾（MDBK）细胞作为感染模型，并以 PBS 处理的细胞作为模拟对照，以区分病毒感染引起的特异性转录应答与细胞培养或处理过程中的背景变化。数据集英文名称中提及“Cell death modulation dictates tissue-specific tropism”，表明其研究背景与细胞死亡调控及组织特异性嗜性相关，但具体机制与结论需结合原始研究进一步了解。

【数据内容】

该数据集的核心内容为全基因组转录分析数据，覆盖感染后 1、8、16、24 小时四个时间点，并包含 PBS 处理的模拟对照细胞。数据主题标签为 Raw sequence reads，说明其包含原始序列读长数据。通过比较感染组与对照组在不同时间点的转录谱，可以分析宿主细胞在 LSDV 复制早期与中期阶段的基因表达变化，进而为病毒与宿主互作及细胞防御机制的研究提供数据支持。数据集未提供具体基因列表、表达量数值或差异表达分析结果，相关内容源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI 收录的数据集。样本类型为 Madin-Darby 牛肾（MDBK）细胞，感染对象为疙瘩皮肤病病毒（LSDV），对照为 PBS 处理的细胞。采样时间点为感染后 1、8、16、24 小时。关于测序平台、建库方法、测序深度、样本数量等具体采集信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于病毒与宿主互作研究，尤其是针对疙瘩皮肤病病毒感染宿主细胞后转录组应答的比较分析。可用于研究感染早期与中期阶段宿主基因表达的变化趋势，探索细胞防御机制相关通路的激活情况，以及为细胞死亡调控与组织特异性嗜性相关研究提供转录层面的参考。此外，也可作为病毒学、兽医学及分子生物学领域研究人员分析 LSDV 感染模型的辅助数据资源。具体分析场景需结合原始研究设计与数据质量进行判断。

【使用方法】

该数据集以 Raw sequence reads 形式提供，使用者通常需要先进行序列质量控制、比对和定量等预处理步骤，再开展差异表达分析或功能富集分析。由于包含多个感染时间点与模拟对照，可按照时间序列比较感染组与对照组之间的转录组差异，从而识别不同感染阶段的宿主应答特征。使用时应结合实验设计，注意区分病毒感染特异性效应与 PBS 对照的背景效应。关于具体的分析流程、参考基因组版本及标准化方法，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集基于 MDBK 细胞模型和 PBS 模拟对照，覆盖感染后 1、8、16、24 小时四个时间点，能够反映早期与中间阶段的转录组变化。但其局限性在于，源站未提供样本量、测序深度、重复次数、数据质控指标及统计分析结果等关键质量信息，因此无法对数据质量进行独立评估。此外，该数据集仅涉及体外细胞模型，不能直接等同于体内感染过程。关于数据的具体限制与偏差，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，具体引用方式、许可协议及使用条款源站未提供。使用者在引用或再利用该数据集时，应访问 NCBI 相关页面获取正式的引用信息和许可说明。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1423217

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1423217

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

对感染块状皮肤病病毒（LSDV）的Madin-Darby牛肾（MDBK）细胞在感染后1、8、16和24小时进行全基因组转录分析，以PBS处理的细胞作为模拟对照。该数据集能够对LSDV复制早期和中期宿主转录组反应进行比较分析，为病毒-宿主相互作用和细胞防御机制提供见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别