PRJNA1310668：缺氧条件下人足细胞染色质可及性动态的ATAC-seq研究
该数据集来自 NCBI，包含人足细胞在常氧与缺氧条件下经 ATAC-seq 获得的原始测序数据，用于刻画全基因组染色质可及性模式
基本信息
资源简介
PRJNA1310668：缺氧条件下人足细胞染色质可及性动态的ATAC-seq研究
PRJNA1310668 数据集来自 NCBI，主题为“Chromatin Accessibility Dynamics in Human Podocytes under Hypoxic Conditions Revealed by ATAC-seq”，即利用 ATAC-seq 技术揭示缺氧条件下人足细胞染色质可及性动态变化的研究数据。该数据集收录了人足细胞在常氧与缺氧两种培养条件下经 ATAC-seq 获得的原始测序数据，可用于刻画全基因组范围内的染色质可及性模式。在本站分类中，该数据集归入泌尿生殖系统疾病 / 其他类别，主题标签为原始序列读段（Raw sequence reads）。整体而言，该数据集围绕低氧暴露对足细胞表观遗传调控格局的影响展开，为理解肾脏疾病中缺氧诱导的表观遗传重塑提供了原始数据基础。
【数据集背景】
足细胞是肾小球滤过屏障的重要组成部分，其功能状态与多种肾脏疾病的发生发展密切相关。缺氧是肾脏疾病进程中常见的微环境因素，可引发细胞层面的表观遗传改变。该研究聚焦于缺氧对人足细胞染色质可及性的影响，试图从调控层面理解足细胞对低氧暴露的响应机制。研究采用 ATAC-seq 技术，在常氧与缺氧两种培养条件下对人足细胞进行全基因组染色质可及性分析，以揭示低氧环境下足细胞调控格局与转录潜能的变化，为认识缺氧诱导的肾脏疾病表观遗传重塑提供依据。
【数据内容】
该数据集的内容为 ATAC-seq 原始测序读段（Raw sequence reads）。数据覆盖人足细胞在常氧和缺氧两种条件下培养后的全基因组染色质可及性测序结果，可用于刻画两种条件下染色质开放区域的分布与差异。数据所对应的研究目标是描绘足细胞在低氧暴露下的调控图景和转录潜能，因此其内容侧重于染色质层面的可及性信息，而非基因表达或其他类型的组学测量。关于样本数量、测序深度、读段长度、数据文件大小与具体文件格式等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov。根据源站描述，研究以人足细胞为对象，分别在常氧与缺氧条件下进行培养，并采用 ATAC-seq 对全基因组染色质可及性模式进行 profiling。数据以原始序列读段的形式发布，属于测序产生的第一手数据。关于样本供体信息、细胞来源、培养条件的具体参数、测序平台与试剂等实验细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于染色质可及性相关的分析场景，包括对常氧与缺氧条件下人足细胞全基因组开放染色质区域的识别与比较，以及在此基础上探讨低氧暴露引起的调控格局变化。由于数据以原始读段形式提供，可用于 ATAC-seq 标准分析流程中的比对、峰识别与差异可及性分析等环节。结合其泌尿生殖系统疾病 / 其他的分类归属，该数据可用于肾脏疾病中缺氧相关表观遗传重塑的研究背景下的方法验证或对照参考。关于数据在其他具体研究方向中的适用性，源站未提供。
【使用方法】
使用该数据集时，通常需要先获取原始测序读段，随后按照 ATAC-seq 数据的常规处理流程进行质量控制、比对到参考基因组、识别开放染色质区域，并在常氧与缺氧条件之间开展比较分析。由于数据为原始序列读段，使用者需自行完成后续的信息学处理。关于参考基因组版本、推荐分析软件与参数、是否存在配套的 processed 数据等信息，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为原始测序读段，未提供经过加工或注释的汇总结果，使用者需自行承担数据处理与质控工作。数据仅涵盖常氧与缺氧两种培养条件下的人足细胞 ATAC-seq 测量，不包含其他组学层面或其他细胞类型的信息。关于测序质量指标、重复样本情况、批次效应以及数据可能存在的技术偏差等，源站未提供。因此，在将数据用于特定结论推导前，应结合自身分析流程进行评估。
【引用与许可】
该数据集来自 NCBI，使用时应遵循源站的相关要求并引用对应研究。关于具体的引用文献、作者信息、发表刊物以及数据许可条款等，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1310668
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本研究探讨缺氧对人足细胞染色质可及性的影响。采用ATAC-seq技术，我们对常氧和缺氧条件下培养的足细胞全基因组染色质可及性模式进行了分析。该数据集为理解足细胞在低氧暴露下的调控格局和转录潜能提供了见解，有助于认识肾脏疾病中缺氧诱导的表观遗传重塑。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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