克隆牛胚胎与母体子宫内膜基因表达失调数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE74152

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

通过体细胞核移植（SCNT）克隆哺乳动物时，一个尚未解决的主要问题是：胚胎移植到受体子宫后、在着床窗口之前或期间，该过程失败的机制。我们利用RNA-seq研究了这一问题，比较了妊娠第18天（着床前）和第34天（着床后）通过SCNT和人工授精（AI）产生的牛孕体的转录组。此外，我们还对着床前和着床后阶段的子宫内膜进行了分析，以识别可能因克隆孕体的存在而受影响、最终导致着床窗口之前或期间死亡的通讯通路。在第18天，与SCNT相关的转录组效应非常显著，涉及超过5，000个差异表达基因（DEGs）。其中包括121个基因，这些基因在小鼠中具有胚胎致死表型、导致滋养层和胎盘发育缺陷，和/或影响小鼠孕体的存活。

在妊娠第18天的子宫内膜中，表达基因中不足0.4%受到克隆孕体存在的影响；而在第34天，分别约有36%和不足0.7%的基因在子叶间组织和子叶组织中呈现差异表达。对胎盘和子宫内膜组织中差异表达基因的功能分析表明，克隆孕体与子宫内膜之间的信号传导发生了重大紊乱，尤其是子叶间组织。我们的结果支持一种瓶颈模型，即克隆孕体在围着床期存活取决于胚外组织的基因表达水平以及子宫内膜对克隆体异常信号的响应。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。