白色念珠菌体内RNA测序鉴定形态转换与毒力关键lncRNA ReLoV I

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE327268

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

白色念珠菌是人类最常见的真菌病原体，可导致高死亡率的医院获得性感染。尽管其临床重要性显著，但调控白色念珠菌致病性的机制尚未完全阐明。为鉴定与白色念珠菌致病性相关的长链非编码RNA（lncRNA），我们在小鼠全身感染模型中进行了体内链特异性RNA测序（RNA-seq）。我们发现，白色念珠菌在侵袭性感染过程中表达了数百种lncRNA，其中170种迄今尚未被注释。我们进一步发现，与未感染（UI）细胞相比，侵入小鼠肾脏的真菌细胞中有相当数量的lncRNA存在差异表达。lncRNA的差异表达通过qRT-PCR实验得到了验证。我们鉴定了一个功能未知的lncRNA——ReLoV，其表达在体内感染后显著诱导。relov Δ/Δ突变体未能在小鼠肾脏中形成延长的菌丝，并在全身感染模型中表现出减弱的毒力。

ReLoV的表达在多种诱导菌丝形成的刺激下也升高，包括血清、中性pH（Lee’s）和雷帕霉素。ReLoV对菌丝的维持至关重要，但对菌丝形成的起始并非必需。ReLoV缺失降低了UME6的转录本水平——UME6是一种菌丝特异性转录激活因子，控制菌丝特异性转录的水平和持续时间——这一效应发生在菌丝伸长过程中而非起始阶段。我们认为，relov Δ/Δ突变体中UME6水平的失调导致了其在侵袭性感染期间以及体外菌丝诱导条件下菌丝发育的缺陷。总之，这些数据揭示了lncRNA ReLoV作为白色念珠菌形态发生和致病性遗传调控的又一层次。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。