白色念珠菌抗真菌应激适应性的功能基因组分析数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE345172

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

白色念珠菌是侵袭性念珠菌病的主要致病菌，可在免疫功能低下人群中引起危及生命的感染。抗真菌治疗仅限于三大类药物，即多烯类、唑类和棘白菌素类，它们分别靶向真菌细胞膜或真菌细胞壁。这三类药物均已发现耐药分离株，加之治疗选择有限，亟需开发针对侵袭性真菌感染的新策略。Manogepix（MGX）是一种新型抗真菌药物，目前正在进行3期临床试验，其作用机制为抑制糖基磷脂酰肌醇（GPI）锚的生物合成。Nikkomycin Z（NikkZ）也是一种正在研究其抗真菌特性的化合物，可抑制真菌几丁质合酶。迄今为止，对MGX和NikkZ耐药相关的基因在很大程度上仍不明确。本项目旨在鉴定并表征调节白念珠菌对抗真菌药物敏感性的基因。为此，我们利用了一个大规模的白念珠菌基因替换与条件表达（GRACE）突变体库，该突变体库可通过多西环素可抑制型启动子实现可控的基因表达。

具体而言，我们鉴定出了调节对棘白菌素类卡泊芬净、唑类氟康唑、尼可霉素Z以及manogepix敏感性的基因。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。