GSE299240：变温脊椎动物演化出肠道相关生发中心样结构

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE299240

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数据说明

生发中心（GCs）是温血脊椎动物中出现的特化微解剖结构，作为免疫监视和淋巴细胞激活的关键枢纽。持续暴露于食源性病原体推动了脊椎动物物种中强效肠道黏膜免疫防御的进化选择。尽管保留了祖先的冷血动物特征（包括发育不全的淋巴结），硬骨鱼已进化出能够产生强效抗原特异性免疫反应的特化肠道相关淋巴组织。冷血脊椎动物如何在肠道中启动适应性免疫及其发生部位仍不清楚。通过单细胞RNA测序（scRNA-seq），我们全面绘制了鲤鱼（Cyprinus carpio）在鲤春病毒血症病毒（SVCV）攻击后肠道和头肾（HK）中的动态免疫图谱。引人注目的是，二次病毒暴露后肠道内的淋巴细胞表现出记忆相关基因的显著上调，同时B细胞中经典GC标志物强烈表达。

此外，我们利用FISH技术观察到SVCV与肠道固有层基底及HK血管周围微环境中的CXCR5⁺ B细胞共定位，这些细胞被AICDA⁺/MKI67⁺/CXCR4⁺ B细胞形成的外周环所包围。值得注意的是，在这些相同的微解剖微环境中，我们检测到由高度增殖的IgM⁺ B细胞（正经历显著凋亡）和抗原（Ag）特异性B细胞组成的明显聚集体。综上所述，我们的发现揭示了硬骨鱼类在肠道中进化出了类GC结构，为GC的进化起源提供了新的见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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