牛子宫内膜驱动并响应体外生产胚胎生化差异数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE295732

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

体外生产（IVP）牛胚胎用于提升畜群遗传品质并支持先进繁殖技术，然而，移植到代孕母体后，不到40%的胚胎能在妊娠第一个月存活。虽然体外培养对胚胎移植前造成的生化影响已有充分记录，但对于移植后胚胎与子宫内膜相互作用及妊娠失败时的情况了解较少。为探究这一问题，我们采用了第16天的滋养外胚层-子宫内膜单培养与共培养体系，整合转录组学和蛋白质组学分析，比较IVP或体内来源（IVD）牛孕体与子宫内膜之间的交互作用。我们发现，IVP孕体的转录组（差异表达基因；DEG）与IVD孕体存在差异，但仅在與子宫内膜共培养后显现（377个DEG；FDR < 0.05）。此外，在IVP孕体的DEG中，有81个基因（21%）与胚胎或胎儿发育异常相关。

与IVP概念体诱导的丰富子宫内膜DEG相关的显著生物学过程涉及GTP酶活性和炎症反应（FDR < 0.01），其中后者可能与MHC II类表达增加有关，而这一特征为IVP概念体所特有。对培养基进行的蛋白质组学分析分别鉴定出1,031和604个差异丰度蛋白质（FDR < 0.05），分别与IVD和IVP概念体-子宫内膜共培养相关（相较于单独子宫内膜），表明IVP概念体周围的蛋白质组环境可能欠佳。总体而言，与IVD概念体相比，子宫内膜似乎驱动并响应IVP概念体生物化学的差异，这可能导致了妊娠失败。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。