冈比亚按蚊胚胎发育性别特异性转录组动态[RNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE285040

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

传播疟疾的蚊子在解剖结构和行为上表现出极端的性二态性。冈比亚按蚊的性别特异性基因表达在成虫阶段已被充分研究，但其在胚胎发生过程中的起始机制，除Yob等性别决定因子外，仍 largely 未知。在此，我们报道了冈比亚按蚊雌雄个体的全面单胚胎转录组图谱，以理解性别特异性表达网络建立的最早阶段。我们的数据集揭示了胚胎RNA异构体多样性，包括在母体到合子基因组转变过程中向远端选择性多聚腺苷酸化（APA）位点的全局性转变。性别偏向性基因表达和选择性剪接在胚胎发生过程中有限，大多数性别特异性模式在胚胎后阶段才出现。X染色体剂量补偿在合子基因组激活后不久即建立，伴随着主调控蛋白SOA直接结合X连锁启动子。与果蝇或哺乳动物中的剂量补偿调控因子不同，SOA以一步式方式运作，直接结合富含CA的启动子基序，而不优先针对某些基因群。

我们提出，按蚊的剂量补偿系统代表了一种基因逐一调控机制的进化终点，该机制已演化至染色体范围。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。