牛延展期孕体微环境：孕体-母体界面基因转录本与蛋白鉴定

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE256172

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

牛孕体在发育第16天左右延长并释放干扰素-tau（IFNT），破坏子宫内膜的溶黄体机制，以维持黄体P4和妊娠。除IFNT外，孕体其他因子也改变子宫内膜局部活动以支持妊娠；然而，该微环境在很大程度上尚未被表征。我们利用牛孕体-子宫内膜培养系统，以RNA和蛋白质形式阐明该微环境。发情同步化的青年母牛保持发情周期（13头）或进行人工授精（9头），分别产生第16天周期性子宫内膜和延长的孕体。随后，将孕体切片和周期性子宫内膜用于在1 mL培养基中生成组织培养物：（1）无组织（对照培养基；n=7），（2）孕体单培养（孕体；n=9），（3）子宫内膜单培养（Endo；n=13），或（4）Endo-孕体共培养（n=15）。12小时后，对组织RNA进行测序（RNA-Seq），并对培养基进行蛋白质组学分析（LC-MS/MS）。与孕体和Endo相比，共培养的孕体和子宫内膜组织分别含有3,400和4,575个差异表达基因（DEG）（P ≤ 0.01）。

子宫内膜中独立于IFNT上调的DEG与转录相关，而概念体上调的DEG则与蛋白质稳态和代谢相关（P ≤ 0.001）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。